行业分类-设备装置-一种基于鲁棒非负矩阵分解和数据融合的无监督语音增强方法.zip
2021-09-11 14:05:25
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共识非负矩阵分解（cNMF）v1.2
cNMF是用于从单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）数据推断基因表达程序的分析管道。
它以一个计数矩阵（N个细胞XG基因）作为输入，并生成一个（K x G）个基因表达程序（GEPs）矩阵和一个（N x K）矩阵，该矩阵指定数据中每个细胞的每个程序的用法。
您可以在阅读有关该方法的更多信息。 此外，该论文中的分析还可以在上进行探索和重新执行。 您可以在本README中阅读有关如何运行cNMF管道的更多信息，并可以在随附的和使用示例数据对它进行测试。
从1.1版更新
将用于确定高变异性基因的低均值表达基因的阈值从0.01提高到0.5。 除少数单元格外，一些用户正在识别使用率极低的无法解释的程序。 我们怀疑这是由于包含了在少数细胞中检测到的具有高变异性的基因所致。 在大多数情况下，默认参数的此更改将有助于解决该问题。
更新了NMF的导入，以与>
2021-07-28 14:02:59
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#GrNMF R 包 该包是 Deng Cai 2008 年论文“流形上的非负矩阵分解”中描述的图形约束 NMF 算法的实现。
使用包
有关文档和使用示例，请参阅 R 中的help(GrNMF) 。
2021-07-12 14:05:01
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PyTorch中的非负矩阵组合
PyTorch不仅是一个很好的深度学习框架，而且还是矩阵操作和大数据卷积方面的快速工具。 一个很好的例子是 。
在此程序包中，我基于torch.nn.Module在PyTorch中实现了NMF，PLCA及其反卷积变化，因此可以在CPU / GPU设备之间自由移动模型并利用cuda的并行计算。
模组
NMF
基本的NMF和NMFD模块使用乘法更新规则将beta差异最小化。 乘数是通过torch.autograd获得的，因此减少了代码量并且易于维护。
该界面类似于sklearn.decomposition.NMF ，但具有一些其他选项。
NMF ：原始NMF算法。
NMFD ：一维反卷积NMF算法。
NMF2D ：二维反卷积NMF算法。
NMF3D ：3-D反卷积NMF算法。
可编程逻辑控制器
基本的PLCA和SIPLCA模块使用EM算法来最
2021-06-11 20:31:24
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