FishPhyloMaker
为当地鱼类种群建立系统发育
FishPhyloMaker软件包的核心功能是FishPhyloMaker ，该功能通过下载提供的系统发育并通过依次替换和丢弃原始系统发育的鱼类来编辑该系统发育来获得。系统发育树，仅包含数据框中指定的所需物种。 该过程从添加树中已经存在任何属的所有鱼类（同属物种）开始。 对于没有相同属的任何代表的物种，该功能将查找同一科的所有物种，如果树中不存在任何物种，则对相同顺序的物种进行搜索。 通过交互过程，用户必须指定树中要插入物种最相关的那个属（或按顺序排列的属）中的哪个属。 该函数返回一个phylo对象，该对象包含data参数中提供的物种的系统发育和一个数据框（如果参数return.insertions = TRUE ），其中包含所有物种，并带有一个字符，该字符指示在树中添加了该物种的级别。 可以根据物种的插入顺序对物种进行标记的
2021-11-28 20:53:59
776KB
1
河南省范县白衣阁乡八年级生物下册(两栖动物的生殖和发育)导学案(无答案) 新人教版 学案.doc
2021-10-26 09:01:55
71KB
河南省范县白衣阁乡八年级生物下册(昆虫的生殖和发育)导学案(无答案) 新人教版 学案.doc
2021-10-26 09:01:55
62KB
河南省范县白衣阁乡八年级生物下册(鸟的生殖和发育)导学案(无答案) 新人教版 学案.doc
2021-10-26 09:01:54
62KB
vcf2phylip
将VCF格式的SNP转换为PHYLIP，NEXUS，二进制NEXUS或FASTA比对以进行系统发育分析
简要描述;简介
该脚本以VCF文件作为输入，并将使用SNP基因型创建PHYLIP（松弛版本），FASTA，NEXUS或二进制NEXUS格式的系统发育分析矩阵。 对于杂合SNP，已达成共识，并将IUPAC核苷酸歧义码写入最终矩阵（ces），允许任何倍性水平并自动检测。 该代码针对大型VCF矩阵（数百个样本和数百万个基因型）进行了优化，例如，在我们的测试中，它在约27分钟内处理了20GB VCF（约300万个SNP x 650个个体）。 该脚本的初始版本仅产生了PHYLIP矩阵，但现在我们添加了其他流行的格式，包括使用BEAST中的SNAPP插件运行SNP分析的二进制NEXUS文件（仅适用于二倍体基因型）。
此外，您可以为每个SNP选择最少数量的样本，以控制丢失数
2021-10-25 20:50:51
20KB
1