FishPhyloMaker:为一组当地鱼类建立系统发育史-源码

FishPhyloMaker 为当地鱼类种群建立系统发育 FishPhyloMaker软件包的核心功能是FishPhyloMaker ，该功能通过下载提供的系统发育并通过依次替换和丢弃原始系统发育的鱼类来编辑该系统发育来获得。系统发育树，仅包含数据框中指定的所需物种。 该过程从添加树中已经存在任何属的所有​​鱼类（同属物种）开始。 对于没有相同属的任何代表的物种，该功能将查找同一科的所有物种，如果树中不存在任何物种，则对相同顺序的物种进行搜索。 通过交互过程，用户必须指定树中要插入物种最相关的那个属（或按顺序排列的属）中的哪个属。 该函数返回一个phylo对象，该对象包含data参数中提供的物种的系统发育和一个数据框（如果参数return.insertions = TRUE ），其中包含所有物种，并带有一个字符，该字符指示在树中添加了该物种的级别。 可以根据物种的插入顺序对物种进行标记的