D.使用EAM势模拟Ni的剪切行为 v upper lower mobile z x y Ni FCC 晶格

分子动力学模拟的一些理论和实践

应用分子动力学研究了车辆跟驰特性,探索了车辆跟驰的需求安全距离及其应用模型构建。通过赋予跟驰模型多个刺激项的反应权重,运用数学演绎方法,推导出驾驶员对各种刺激反应同向性的状态方程。在此基础上提出了描述跟驰变化过程的分子跟驰模型。数据验证和试验对比分析结果表明,分子跟驰模型对跟驰状态的描述更加全面和贴切,弥补了速度跟驰模型的不足,完善了交通流跟驰理论。

为了解释“粘滞”和“反冲”现象，使用基于多体EAM势函数的分子动力学（MD）模拟了球表面的附着力。 晶格位错出现在粘附界面。 表面原子“召集”并迁移，从而导致“粘滞”现象。 界面原子的迁移速度不一致。 一些原子迁移太快，从而导致“回跳”现象。 在粘贴过程中，“回跳”现象出现了两次。 发现“颈部分离”现象。 在粘附表面，一些原子显示出吸引力，而一些原子显示出排斥力。 随着粘附距离的变化，发现了吸引力和排斥力之间的转换。 分离过程中的粘合力明显落后于接触过程中的粘合力，这表明在粘合过程中存在能量损失。 最后模拟了粘附变形曲线，并与相关结果进行了比较。

Project_Libra_CP2K 这是在多体理论水平上忽略背React近似的非绝热分子动力学的项目存储库。 考虑动力学的系统是Cd33Se33和Si75H64。 该项目使用Libra和CP2K软件包之间的接口。 在这里，我们提供了用于研究的输入文件。 它们可用于每个系统的单独文件夹中。 已经为用户提供了所有说明，以便能够使用它们。 注意：此项目使用的输入文件和后处理脚本的功能已通过更加用户友好的界面进行了改进。 改进的文件已用于另一个项目，研究了晶体对称性在卤化铅赋形剂的非绝热动力学中的作用，可以在的该项目的资料库中找到。 该存储库中的当前文件可以正常工作，但是为了使用改进的文件，我们建议用户安装最新版本的Libra。 我们强烈建议用户使用改进的文件以获得更好的功能。

这个是lammps官网的第二个例子，里面有我个人的注释，几乎每行都有，能够快速学习，这个和第一个例子程序差不多，举一反三，第一个例子的程序差不多就会了。。

计算物理学是随着计算机技术的飞跃进步而不断发展的一门学科，在借助各种数值计算方法的基础上，结合了实验物理和理论物理学的成果，开拓了人类认识自然界的新方法。传统的观念认为，理论是理论物理学家的事，而实验是实验物理学家的事，两者之间不见得有必然的联系，但现代的计算机实验已经在理论和实验之间建立了很好的桥梁。

计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟简介.pdf

使用链接单元算法，因此，计算成本与原子数呈线性关系。 可以选择激活周期性边界条件。 应该定义一个三次区域来生成邻居列表。 原子坐标只能是 3D 格式，作为行向量。 % [nebrTab, nebrLen] = md_neighlist_cube(x, nx, rc, srgdat, bctyp, frc)% % ------------------------------------------------- --------------------- % 为立方体 % 区域中的原子系统创建邻居列表% WZ。 单%------------------------------------------------- --------------- ％ 输入： % x : 原子坐标，[ px, py, pz] % nx : 数量。 原子数，= size( x, 1) % rc : 截止

关于分子动力学理论的基本介绍，平面波，赝势的构建，同时对第一性原理和密度泛函也作了相关介绍，是材料计算的初学者较好的学习资料。