CellBender
CellBender是一个软件包,用于消除高通量单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中的技术伪像。
当前版本包含以下模块。 将来将添加更多模块:
remove-background :
此模块从(原始)基于UMI的scRNA-seq计数矩阵中删除由于周围RNA分子和随机条形码交换引起的计数。 目前,仅支持由CellRanger count管道生成的计数矩阵。 将来会增加对其他工具和协议的支持。 在可以找到快速入门教程。
请参阅以获取有关使用CellBender的快速入门教程。
安装及使用
手动安装
推荐的安装方法如下。 创建一个conda环境并激活它:
$ conda create -n cellbender python=3.7
$ source activate cellbender
安装模块:
(cellbender) $ conda in
2021-05-12 13:39:16
613KB
Python
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