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非晶态Cu80Si20中二十面体短程有序结构的第一性原理分子动力学研究，吴松，M. J. Kramer，本文采用基于密度泛函理论的第一性原理分子动力学模拟方法，研究了液态与非晶态Cu80Si20的短程有序性。通过在1140和300 K温度下的模拟�

Molecular Gas Dynamics入门 详细介绍 Bird-Molecular Gas Dynamics and the Direct simulation of gas flows Yoshio_Sone_Molecular_Gas_Dynamics_Theory, Techniques, and Applications 基本满足分子动力学各阶段学习需求

一个强大的应用程序，旨在提供一种手段的看着生物分子系统进行分子分析或类似模拟的任务 分子分析或生物系统的可视化可能听起来很复杂的活动，而事实是，他们实际上是相当复杂的。通常情况下，只有专家和那些研究物理学的人会遇到这些概念的定期进行，但由于与它们关系密切的软件应用程序，几乎所有人都能得到洞察力上什么这是所有关于。

本文件目的是为了应对过慢的下载。侵删 A pair_style quip command which wraps the QUIP libAtoms library, which includes a variety of interatomic poten-tials, including Gaussian Approximation Potential (GAP) models developed by the Cambridge University group.To use this package you must have the QUIP libAtoms library available on your system. Author: Albert Bartok (Cambridge University)

基于LAMMPS分子动力学MSD自编程计算程序

使用分子动力学模拟了由严重压缩变形导致的多晶材料中的晶粒细化。 制备了一个简化的模型，该模型具有被周期性边界包围的四个方形晶粒，并通过缩短y方向的长度来施加压缩变形。 模型首先发生弹性变形，压缩应力单调增加。 然后开始非弹性变形，应力急剧下降。 在那一刻，位错或滑动开始于晶界或三重结，然后在晶粒内扩散。 然后在一些晶粒中产生新的晶粒边界，并出现亚晶粒。 最后，获得具有细化晶粒的显微组织。 使用两种类型的晶粒排列和三种不同的晶体取向组合来模拟此过程。 在每种情况下，晶粒细化通常以类似的方式进行，而详细的非弹性变形和晶粒细化行为则取决于初始的微观结构。

Lammps计算输入文件 # 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表

分子力学（MM）程序Iphigenie提供了广泛的分子动力学（MD）方法和技术，包括极化力场（PMM），HADESReact场和QM /（P）MM混合模拟。