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基于
分子动力学
的石墨烯摩擦学规律分析.doc
基于
分子动力学
的石墨烯摩擦学规律分析.doc
2022-12-06 14:19:58
7.55MB
计算机
clustering-traj:接收
分子动力学
或蒙特卡洛轨迹并执行团聚聚类以对相似结构进行分类的Python脚本
聚类轨迹 该Python脚本接收
分子动力学
或Monte Carlo轨迹(.pdb,.xyz或OpenBabel支持的任何格式),使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD,并执行聚集聚类(一种无监督的机器学习),以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的,但是,鉴于所有库均可用,它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离(使用最小RMSD),建立一个距离矩阵(以压缩形式存储)。 请注意,计算距离矩阵可能需要一些时间,具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取(使用-i选项),以避免每次您要更改链接方法(使用-m )或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库,因此在运行脚本之前,请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前,需要以下库: 我们建议使用 P
2022-11-19 05:15:47
199KB
clustering
python-script
molecular-dynamics
openbabel
1
lammps实例和Fortran编程_lammps_lammps实例_
分子动力学
_
可以适合新手学习
分子动力学
模拟和借助fortran进行
分子动力学
建模的学习
2022-11-05 20:14:46
2.03MB
lammps
lammps实例
分子动力学
1
C使用EAM势模拟Ni的循环行为-
分子动力学
模拟的Lammps实现
C.使用EAM势模拟Ni的循环行为 u z x y 常温30K条件下 u u
2022-11-02 20:43:03
320KB
分子动力学
1
单晶Al熔化的
分子动力学
模拟 (2013年)
采用Adams嵌入原子势(EAM),利用
分子动力学
方法对单晶A1的熔化过程进行了模拟,分析了A1样品体熔化过程中结构、能量的变化及表面熔化过程中固一液界面的移动情况。模拟的结果表明:对于A1样品体熔化过程,体系的体积和内能在1205K发生突变;通过计算1000-1200K下A1的表面熔化速度,得出热力学熔点为985K,与存在的实验结果基本吻合。
2022-09-07 12:04:31
2.48MB
自然科学
论文
1
Si端面β-SiC(001)表面的原子结构随温度变化的
分子动力学
模拟
Si端面β-SiC(001)表面的原子结构随温度变化的
分子动力学
模拟,马梨,赵耀林,本文采用了Tersoff/ZBL势对不同温度下Si端面的β-SiC(001)表面的原子结构进行了
分子动力学
(MD)模拟研究。模拟发现,各温度下Si端面的β-Si
2022-07-24 20:25:21
891KB
首发论文
1
聚乙烯醇-甘油水溶液氢键结构的
分子动力学
模拟
聚乙烯醇-甘油水溶液氢键结构的
分子动力学
模拟,陈聪,,生物细胞低温冷藏过程中会造成冷冻损伤。添加抗冻剂能有效保护细胞。聚乙烯醇是一种有效的抗冻保护剂。本文采用
分子动力学
方法模
2022-07-10 15:14:28
575KB
首发论文
1
DFT的matlab源代码-kg4vasp:Kubo-Greenwood利用VASP从第一原理
分子动力学
研究了传输性质
DFT的matlab源代码KG4VASP 版本:v1.0稳定版(独立) 在实际系统中的应用:参考。 参考中的科学期刊[1] 致谢: 我想要感谢: kgec开发人员1所做的令人鼓舞的工作和努力为QE提供了一个不错的工具 从广义Kubo-Greenwood公式2进行各种数量的数学推导 量子浓缩咖啡3 VASP 4 编码 该代码旨在作为VASP后处理工具,供需要计算运输属性的人员使用。 目前计算出的数量是: 电导率/电阻率 塞贝克系数 电子热导率 可以通过拟合$ \ sigma(\ omega)= \ sigma_0 / 1+ \ omega ^ 2 \ tau ^ 2 $在$ \ omega \ rightarrow 0 $处获得放松时间$ \ tau $的味道(Drude Model ) 输入文件 kg4vasp输入文件称为INPUT,需要解决以下标志: SYSTEM(字符):通常为所研究系统的名称 NBANDS(整数):乐队数量 FILE_NABLA(字符):DFT代码存储nabla矩阵元素的文件的名称 NKPOINTS(整数):K-POINTS的数量 NP_FREQ(整数):最小和最
2022-07-10 14:46:16
4.98MB
系统开源
1
分子建模与模拟导论10
分子动力学
(Molecular Dynamics,MD)算法 .pdf
分子建模与模拟导论10
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(Molecular Dynamics,MD)算法 .pdf
2022-07-09 19:08:59
522KB
文档资料
gromacs-5.0.7 _linux.tar.gz
gromacs-5.0.7
分子动力学
软件,linux版
2022-06-21 13:18:48
25.14MB
分子动力学
分子动力学模拟
Gromacs
分子模拟
1
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