matlab滑动条码免疫地形图
这是什么?
该存储库包含脚本,用于分析组织学图像中肿瘤浸润免疫细胞的形貌。
图像分析将使用QuPath
v
0.1.2(qupath.github.io)完成,而所有下游分析将使用Matlab
R2017b(Mathworks,Natick,MA,USA)完成。
该方法在eLife
2018中发表的论文“癌症相关免疫细胞拓扑图”中进行了描述。如果您重复使用任何代码,请引用该论文。
我该如何使用呢?
该软件可能尚未准备好进行常规部署。
它是可用于研究项目的图像分析管道的一部分。
简而言之,完整的流程如下
获取肿瘤的组织切片并进行免疫染色
扫描幻灯片并将整个幻灯片图像加载到QuPath中
手动绘制肿瘤核心区域(标记为“
TU_CORE”)和外部侵入边缘(“
MARG_500_OUT”)
运行“
./qupath_scripts”中提供的QuPath脚本
运行Matlab脚本以解析QuPath输出并执行进一步的分析。
依次运行脚本“
step_01”,“
step_02”等。
我如何获得帮助?
如有任何疑问,请随时与作者联系。
有关QuPath的问题,请参见。
2022-11-03 22:07:59
761KB
系统开源
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