SEQ关键指标查询使用指导

==================== microRNA 测序 为 microRNA 测序分析管道创建存储库 包含用于 microRNA 测序数据分析的所有自定义 linux bash 脚本、perl 脚本和 R 脚本的存储库。 为了使用提供的管道和脚本，用户应该首先参考 miRNA-seq_QC_filter.txt 文件，这将导致其他不同的脚本。 以后可能会为每个脚本添加更多的README文件，以方便用户的使用和理解。 有关我们的文章或存储库的任何查询，请联系： 北卡罗来纳州 或者 Correia, C. 或者 麦克休，DE DOI 徽章： :

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ATAC-Seq：与ATAC-Seq相关的脚本

ATAC-Seq-管道 要求 此项目需要R版本> = 4.0.0。 使用initialization.sh脚本将正确的R版本自动安装在新的conda环境（ATAC）中。 initialize.sh脚本包括自动安装，可防止与R中的程序包依赖项发生冲突。如果您希望设置自己的环境，则必须修改initialize.sh并为“ Biostrings”，“ BCRANK”和“ seqinr”。 该GitHub管道包括一个可选分支，用于基于轨道的染色质可访问性可视化。 要使用此命令，您将必须在由initialize.sh创建的“ ATAC”环境中安装以下依赖项： Python> = 3.6 numpy的> = 1.8.0 scipy> = 0.17.0 py2bit> = 0.1.0 pyBigWig> = 0.3.4 pysam> = 0.8 matplotlib> = 3.1.1

火山3D volcano3D软件包可用于探索三组之间差异表达的探针。 其主要目的是在三维火山图中可视化差异表达的基因。 这些图可以使用图转换为交互式可视化。 该插图探讨了PEAC类风湿关节炎试验（早期关节炎队列的病理生物学）中的案例研究。 该方法已经发表在 和可在获得的交互式Web工具。 该工具可作为可搜索界面，以检查各个滑膜和血液基因转录水平与组织学，临床和放射学参数以及6个月时的临床React之间的关系。 交互式界面允许探索基因模块分析中模块与临床参数之间的关系。 PEAC交互式Web工具正在作为创建，并使用服务器部署到Web。 也有补充说明，以获取有关以下方面的更多信息： 入门 先决条件 从CRAN安装 install.packages("volcano3D") 从Github安装 library(devtools) install_github("KatrionaG

斩波器 Pychopper v2是识别，定向和修剪全长Nanopore cDNA读物的工具。 该工具还可以挽救融合的读物。 背景 Pychopper v2的一般方法如下： Pychopper首先在整个序列长度上鉴定引物的比对命中。 这样做的默认方法是将nhmmscan与nhmmscan随附的预训练的特定于链的配置文件HMM一起使用。 或者，可以使用edlib后端，该后端使用全局和局部比对的组合来识别读物中的引物。 在通过任一后端识别引物命中后，将读数分为两个连续的引物命中所定义的片段。 如果侧翼引物命中的构型有效（例如， SPP,-VNP用于正向读取） SPP,-VNP则片段的分数为其长度SPP,-VNP否则为零。 使用动态编程算法将片段分配给拯救的读段，该算法将使用的片段得分的总和最大化（因此，拯救的碱基数量）。 关于该算法的一个重要观察结果是，如果将一个片段包括为抢救读物，则必

IBM数据生成器，seq类型，适合用于关联分析生成事务数据库，方便快捷；其中类似T40I10D100K的数据就是通过IBM数据生成器生成的。 使用方法：bin/seq_data_generator seq [options]

Snakemake中的基本散装RNA-seq管线 目录 描述 该存储库包含两种基本形式的基本批量RNA-seq管道的演示，即Snakemake （在workflow/目录中）和bash脚本（在bash_workflow/目录中）。 这两个工作流程执行相同的分析，但是Snakemake管道更加健壮和推荐，尽管目前还不够完善。 这个Snakemake管道是作为教程的一部分而创建的，因此避免了使用某些Snakemake的完整/更复杂的实用程序。 尽管如此，它还是对bash工作流程的改进。 Snakemake版本的几个优点。 停止错误，自动删除不完整的文件 发生错误后可以重新运行/重新启动管道，并且仅运行未完全完成的步骤 可以运行到管道中的某个点而无需编辑管道 可以添加新样本并重新运行管道，以便在必要时仅运行处理新样本以及将这些新数据与其他样本数据集成所需的步骤 可以泛化分析 不必预先安装所

广工eda实验报告 ，含模块代码和测试平台代码，(包含BasGate comb seq) 内容非全原创，有些代码和模块参考网上资源，仅供参考。