kmeans 分析matlab代码CS 221 最终项目代码 2015 年 12 月 8 日 我的大部分分析都是在 python 中完成的。 请按以下顺序查看代码： 自编码器.ipynb。 在这个 ipython notebook 中，我加载数据，然后使用 Keras 训练各种自动编码器。 我还测试了另一个 python 包 Theanet，但它没有给我想要的那么多控制权。 训练完自动编码器后，我会保存它并将其传输到服务器，在那里我可以执行更重的计算。 Method_pipeline.m。 此 MATLAB 文件加载编码数据和表达式矩阵。 它运行 ADMM (jz_ADMM.m)，在某些点使用收缩算子 (jz_shrink.m)，求解方程。 5 在纸上。 此代码为各种 lambda 输出一系列 U。 分析.ipynb。 在这个 ipython notebook 中，我使用各种函数对 Method_pipeline.m 生成的矩阵执行 kmeans 聚类和可视化 (PCA)。 请参阅代码中的注释以获取更多详细信息。

scNym-用于单细胞分类的半监督对抗神经网络 scNym是一个神经网络模型，用于根据单细胞分析数据（例如scRNA-seq）预测细胞类型，并从这些模型中得出细胞类型表示形式。 尽管细胞类型分类是主要的用例，但是这些模型可以将单个细胞概况映射到任意输出类别（例如实验条件）。 我们已经在Genome Research的最新论文中详细描述了scNym 。 如果您发现此工具有用，请引用我们的工作。 我们也有一个研究网站，介绍scNym简报- 用于单细胞分类的半监督对抗神经网络。 雅各布·金梅尔（Jacob C.Kimmel）和大卫·凯利（David R.Kelley）。 基因组研究。 2021. doi： ： BibTeX @article{kimmel_scnym_2021, title = {Semi-supervised adversarial neural networ

原理： 决策树生成算法： 是递归地生成决策树，它往往分类精细，对训练数据集分类准确，但是对未知数据集却没有那么准确，有比较严重的过拟合问题。因此，为了简化模型的复杂度，使模型的泛化能力更强，需要对已生成的决策树进行剪枝。 集成分类算法： 集成（Ensemble）分类模型综合考量多个分类器的预测结果，从而做出决策。 随机森林分类器用相同的训练数据同时搭建多个独立的分裂模型，然后通过投票的方式，以少数服从多数的原则作出最终分类的决策。在相同的训练数据上同时搭建多棵决策树，每棵决策树会放弃固定的排序算法，随机选取特征。 梯度提升决策树按照一定的次序搭建多个分类模型。模型之间彼此存在依赖关系。后续加入

和声2 使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱 单细胞转录组学可以在一次实验中分析数千个细胞，并在广泛的组织和生物体中识别新的细胞类型、状态和动态。 已经开发了标准实验方案和分析工作流程来从组织创建单细胞转录组图谱。 本教程重点介绍如何解释这些数据以识别细胞类型、状态和其他生物相关模式，目的是创建带注释的细胞图。 在书面教程中，我们推荐了一个三步工作流程，包括自动细胞注释工具、手动细胞注释和验证。 讨论了经常遇到的挑战和应对这些挑战的策略。 涵盖了可用于每个步骤的软件工具和资源的指导原则和具体建议。 随附代码 为了使教程中的建议更易于访问，我们提供了一个 R 笔记本，可指导用户使用特定工具。 实际上，每个单细胞地图注释情况都会有所不同，并且可能不需要使用所有这些工具。 就本教程而言，这些工具利用公开可用的数据，涵盖基于参考和标记的自动注释、手动注释以及如何构建一致的集群注释集。 R Notebook 文件可以下载并在您自己的 RStudio 系统上运行。 这将允许您以自己的步调以交互方式运行这些步骤，同时完整运行该文件还会在您的系统上创建一个人类可读的 HTML 文件。 安装说明 此代

CellChat：单元间通信的推理和分析 重要更新！！ 2021年1月5日（版本0.5.0） CellChat对象的微小变化（请通过updateCellChat()更新以前计算的CellChat对象） 功能和教程的增强文档（使用help()来检查文档，例如help(CellChat) ） 多个数据集进行比较分析的新功能 支持从Seurat V3或SingleCellExperiment对象创建新的CellChat对象 基于网络的“ CellChat Explorer” 我们构建了一个用户友好的基于Web的“ ”，其中包含两个主要组件： 配体-受体相互作用浏览器，可轻松探索我们新颖的配体-受体相互作用数据库，全面概述包括多聚体复合物和辅因子在内的已知分子组成。 我们的数据库CellChatDB是一个人工整理的数据库，其中包含人类和小鼠中受文献支持的配体-受体相互作用。 Cel

《单细胞行研报告》（以下简称单细胞研报）为基因慧联合基因行业专家、代表机构及一线人士撰写而成，面向对单细胞有一定基础了解的政策制定者、临床医生、创业者和投资者、科研工作者（器械耗材、实验设计、生物信息、新药研发等）、跨界人士以及其他对单细胞技术和转化应用有浓厚兴趣的专业人士 。 单细胞研报围绕单细胞市场背景、技术、应用及产业分析展开（考虑篇幅，除特别说明，检测方面以测序为主、质谱为辅展开）。时间上，基于近年的信息梳理、归纳和预测，立足于 2019-2020 年，展望未来 3 年发展趋势。地理上，以中国大陆地区的市场范围为主，对照全球的市场环境和产业格局综合分析。 为推动单细胞技术科学普及和推广、转化应用及创新创业，基因慧现将《单细胞行研报告》上传至CSDN论坛，供读者免费阅读。 单细胞研报版权归基因慧所有。 未经基因慧的书面授权，任何机构和个人不得以任何形式使用、复制和传播本报告的任何部分用于商业目的。学术研究引用时请注明来自基因慧；侵权必究。

这是包含肺腺癌单细胞数据集分析的存储库 入门 克隆 repo 从下面的链接下载 Data_input 文件夹到 repo： ://drive.google.com/drive/folders/1sDzO0WOD4rnGC7QfTKwdcQTx3L36PFwX?usp=sharing 脚本 导入和创建 Seurat 对象 01_Import_data_and_metadata.Rmd ：导入原始数据和元数据。 此 scipt 的输出保存为"S01_Data_and_metadata.RData" 。 02_Create_Seurat_object.Rmd ：从脚本 01 导入 .RData 对象。创建初始 Seurat 对象并执行初始质量控制。 最终输出对象保存为"S02_Main_Seurat_object_filtered.RData" 。 02.1_Create_Seurat_o

单细胞RNA-Seq分析 这个为期2天的课程将讨论从scRNA-seq实验获得的数据的计算分析。 贡献 我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何困难，维护人员将竭尽所能为您提供帮助。 我们想请您熟悉我们的《 ，并查看有关正确格式，在本地呈现课程的方式，甚至如何编写新剧集的。 请参阅当前列表，以获取有关对此存储库做出贡献的想法。 为了做出您的贡献，我们使用GitHub流，这在一章中有很好的解释。 维护者 本课程的当前维护者是 作者 可以在“找到该课程的参与者列表 引文 要引用本课程，请向咨询

层次分析matlab代码路径 scEpath软件包（用于分析单细胞RNA-seq数据的新型工具） 概述 这是scEpath（“单细胞能量路径”）的MATLAB软件包。 scEpath是一种新颖的计算方法，用于定量测量单细胞的发育能力和可塑性以及细胞状态之间的转移概率，并从单细胞基因表达数据推断谱系关系和伪时间顺序。 此外，scEpath还可以进行许多下游分析，包括针对给定的细胞簇或伪时间识别最重要的标记基因或转录因子。 scEpath推断细胞轨迹的合理性是基于著名的Waddington的景观隐喻来描述发育过程中的细胞动力学。 下面是一篇论文的概念图（Takahashi等人，开发，2015年） 查看详细的方法和应用程序。 以下是scEpath的概述。 系统要求 scEpath独立于操作系统，因为它是用Matlab编写的。 运行scEpath的基本要求包括MATLAB和统计工具箱。 伪时间估计步骤需要使用R包“ princurve”进行主曲线分析。 在这种情况下，运行scEpath时需要R和Matlab。 该软件包已在Mac OS / 64位Windows上使用MATLAB 2016a /

聚类马氏距离代码MATLAB 从细胞计数数据学习单细胞距离 该存储库随附有，，，N. Boon，B。De Baets和W. Waegeman撰写的手稿“从细胞计数数据学习单细胞距离”。 它通过针对不同的细胞计数应用（合成微生物生态学和CyTOF）最大化Jeffrey散度（DMLMJ），探索了距离度量学习的功能。 抽象的： 用于自动识别细胞群的数据分析技术在细胞计数领域的兴趣日益浓厚。 这些技术通常依赖于距离度量来测量单个单元之间的相似性。 在这项研究中，我们探索使用距离度量学习来自动确定欧氏距离度量的广义形式，即所谓的马哈拉诺比斯距离度量。 在单细胞标签可用的情况下，可以使用这种方法。 我们以各种方式评估学习距离度量的潜力。 首先，我们表明可以通过实施适当的Mahalanobis距离度量来改进当前基于距离的方法。 然后，为了评估这种距离度量的鲁棒性，我们评估了Mahalanobis距离度量在样本之间的可传递性。 此外，我们表明，可以将学习的距离度量与无监督方法（例如聚类或降维）集成在一起。 特别地，示出了用于来自两个不同来源的细胞计数数据的方法，即应用于微生物细胞的流式细胞计数和用于人