kmeans聚类分析matlab代码-CS221_final_project:使用深度自动编码器去噪单细胞RNA-seq数据集

上传者: 38733525 | 上传时间: 2022-05-18 09:26:55 | 文件大小: 3.33MB | 文件类型: ZIP
kmeans 分析matlab代码CS 221 最终项目代码 2015 年 12 月 8 日 我的大部分分析都是在 python 中完成的。 请按以下顺序查看代码: 自编码器.ipynb。 在这个 ipython notebook 中,我加载数据,然后使用 Keras 训练各种自动编码器。 我还测试了另一个 python 包 Theanet,但它没有给我想要的那么多控制权。 训练完自动编码器后,我会保存它并将其传输到服务器,在那里我可以执行更重的计算。 Method_pipeline.m。 此 MATLAB 文件加载编码数据和表达式矩阵。 它运行 ADMM (jz_ADMM.m),在某些点使用收缩算子 (jz_shrink.m),求解方程。 5 在纸上。 此代码为各种 lambda 输出一系列 U。 分析.ipynb。 在这个 ipython notebook 中,我使用各种函数对 Method_pipeline.m 生成的矩阵执行 kmeans 聚类和可视化 (PCA)。 请参阅代码中的注释以获取更多详细信息。

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