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上传时间: 2022-03-22 20:05:53
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和声2
使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱
单细胞转录组学可以在一次实验中分析数千个细胞,并在广泛的组织和生物体中识别新的细胞类型、状态和动态。
已经开发了标准实验方案和分析工作流程来从组织创建单细胞转录组图谱。
本教程重点介绍如何解释这些数据以识别细胞类型、状态和其他生物相关模式,目的是创建带注释的细胞图。
在书面教程中,我们推荐了一个三步工作流程,包括自动细胞注释工具、手动细胞注释和验证。
讨论了经常遇到的挑战和应对这些挑战的策略。
涵盖了可用于每个步骤的软件工具和资源的指导原则和具体建议。
随附代码
为了使教程中的建议更易于访问,我们提供了一个
R
笔记本,可指导用户使用特定工具。
实际上,每个单细胞地图注释情况都会有所不同,并且可能不需要使用所有这些工具。
就本教程而言,这些工具利用公开可用的数据,涵盖基于参考和标记的自动注释、手动注释以及如何构建一致的集群注释集。
R
Notebook
文件可以下载并在您自己的
RStudio
系统上运行。
这将允许您以自己的步调以交互方式运行这些步骤,同时完整运行该文件还会在您的系统上创建一个人类可读的
HTML
文件。
安装说明
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