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VASP ----
VASP是使用赝势和平面波基组,进行第一定律
分子动力学
计算的软件包。VASP中的方法基于有限温度下的局域密度近似(用自由能作为变量)以及对每一MD步骤用有效矩阵对角方案和有效Pulay混合求解瞬时电子基态。这些技术可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切问题,而后者是基于电子、离子运动方程同时积分的方法。离子和电子的相互作用超缓Vanderbilt赝势(US-PP)或投影扩充波(PAW)方法描述。两种技术都可以相当程度地减少过渡金属或第一行元素的每个原子所必需的平面波数量。力与张量可以用VASP很容易地计算,用于把原子衰减到其瞬时基态中。
性质:
以平面波为基础的自洽赝势积分方法;
超软赝势;
最新引用Blochl的全电子投影扩张波(PAW)方法,覆盖了周期表中的所有元素;
局域密度近似(LDA)和广义梯度近似(GGA);
旋转限制和旋转极化;
应用到块状体系、表面和界面;
总能量,力场和全压力张量;
格参数和原子位置的同时松弛;
从头
分子动力学
;
产生Monkhorst-Pack特殊K点;
设计定位,旋转和局域波的态密度;
费米水平的部分态密度;
电荷密度旋转密度;
轨道和轨道密度。
操作平台:Linux/Unix
2024-01-10 11:38:53
1.3MB
VASP
分子动力学
1
Fe_mm.eam_cvff_lammps的cvff力场参数文件_
分子动力学
_
分子动力学
中lammps软件中的cvff力场参数文件
2023-02-27 10:45:21
196KB
cvff
lammps的cvff力场参数文件
分子动力学
1
Manual.pdf
2020版本的
分子动力学
Lammps最全指导手册,包括lammps的安装指导,命令的使用,其它工具包的编译,特别是命令查找非常方便。
2023-02-23 15:47:38
8.55MB
分子动力学、Lammps、指导手
1
material studio交联脚本
原始脚本用于环氧树脂的交联,修改后可以用于其他体系。
2023-02-11 20:44:17
4.92MB
perl
分子动力学
materialstudio
1
packmol linux版本
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系,生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件
2022-12-26 18:02:47
98KB
linux
分子动力学模拟
建模
1
基于
分子动力学
的石墨烯摩擦学规律分析.doc
基于
分子动力学
的石墨烯摩擦学规律分析.doc
2022-12-06 14:19:58
7.55MB
计算机
clustering-traj:接收
分子动力学
或蒙特卡洛轨迹并执行团聚聚类以对相似结构进行分类的Python脚本
聚类轨迹 该Python脚本接收
分子动力学
或Monte Carlo轨迹(.pdb,.xyz或OpenBabel支持的任何格式),使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD,并执行聚集聚类(一种无监督的机器学习),以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的,但是,鉴于所有库均可用,它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离(使用最小RMSD),建立一个距离矩阵(以压缩形式存储)。 请注意,计算距离矩阵可能需要一些时间,具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取(使用-i选项),以避免每次您要更改链接方法(使用-m )或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库,因此在运行脚本之前,请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前,需要以下库: 我们建议使用 P
2022-11-19 05:15:47
199KB
clustering
python-script
molecular-dynamics
openbabel
1
lammps实例和Fortran编程_lammps_lammps实例_
分子动力学
_
可以适合新手学习
分子动力学
模拟和借助fortran进行
分子动力学
建模的学习
2022-11-05 20:14:46
2.03MB
lammps
lammps实例
分子动力学
1
C使用EAM势模拟Ni的循环行为-
分子动力学
模拟的Lammps实现
C.使用EAM势模拟Ni的循环行为 u z x y 常温30K条件下 u u
2022-11-02 20:43:03
320KB
分子动力学
1
单晶Al熔化的
分子动力学
模拟 (2013年)
采用Adams嵌入原子势(EAM),利用
分子动力学
方法对单晶A1的熔化过程进行了模拟,分析了A1样品体熔化过程中结构、能量的变化及表面熔化过程中固一液界面的移动情况。模拟的结果表明:对于A1样品体熔化过程,体系的体积和内能在1205K发生突变;通过计算1000-1200K下A1的表面熔化速度,得出热力学熔点为985K,与存在的实验结果基本吻合。
2022-09-07 12:04:31
2.48MB
自然科学
论文
1
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