原始脚本用于环氧树脂的交联，修改后可以用于其他体系。

packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件

基于分子动力学的石墨烯摩擦学规律分析.doc

聚类轨迹 该Python脚本接收分子动力学或Monte Carlo轨迹（.pdb，.xyz或OpenBabel支持的任何格式），使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD，并执行聚集聚类（一种无监督的机器学习），以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的，但是，鉴于所有库均可用，它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离（使用最小RMSD），建立一个距离矩阵（以压缩形式存储）。 请注意，计算距离矩阵可能需要一些时间，具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取（使用-i选项），以避免每次您要更改链接方法（使用-m ）或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库，因此在运行脚本之前，请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前，需要以下库： 我们建议使用 P

可以适合新手学习分子动力学模拟和借助fortran进行分子动力学建模的学习

C.使用EAM势模拟Ni的循环行为 u z x y 常温30K条件下 u u

采用Adams嵌入原子势(EAM),利用分子动力学方法对单晶A1的熔化过程进行了模拟,分析了A1样品体熔化过程中结构、能量的变化及表面熔化过程中固一液界面的移动情况。模拟的结果表明:对于A1样品体熔化过程,体系的体积和内能在1205K发生突变;通过计算1000-1200K下A1的表面熔化速度,得出热力学熔点为985K,与存在的实验结果基本吻合。

Si端面β-SiC(001)表面的原子结构随温度变化的分子动力学模拟，马梨，赵耀林，本文采用了Tersoff/ZBL势对不同温度下Si端面的β-SiC(001)表面的原子结构进行了分子动力学（MD）模拟研究。模拟发现，各温度下Si端面的β-Si

聚乙烯醇-甘油水溶液氢键结构的分子动力学模拟，陈聪，，生物细胞低温冷藏过程中会造成冷冻损伤。添加抗冻剂能有效保护细胞。聚乙烯醇是一种有效的抗冻保护剂。本文采用分子动力学方法模

DFT的matlab源代码KG4VASP 版本：v1.0稳定版（独立） 在实际系统中的应用：参考。 参考中的科学期刊[1] 致谢： 我想要感谢： kgec开发人员1所做的令人鼓舞的工作和努力为QE提供了一个不错的工具 从广义Kubo-Greenwood公式2进行各种数量的数学推导 量子浓缩咖啡3 VASP 4 编码 该代码旨在作为VASP后处理工具，供需要计算运输属性的人员使用。 目前计算出的数量是： 电导率/电阻率 塞贝克系数 电子热导率 可以通过拟合$ \ sigma（\ omega）= \ sigma_0 / 1+ \ omega ^ 2 \ tau ^ 2 $在$ \ omega \ rightarrow 0 $处获得放松时间$ \ tau $的味道（Drude Model ） 输入文件 kg4vasp输入文件称为INPUT，需要解决以下标志： SYSTEM（字符）：通常为所研究系统的名称 NBANDS（整数）：乐队数量 FILE_NABLA（字符）：DFT代码存储nabla矩阵元素的文件的名称 NKPOINTS（整数）：K-POINTS的数量 NP_FREQ（整数）：最小和最