YeastpRofile是一个用C#编写的便携式Windows窗体应用程序,用于计算酵母mRNA的转录起始(TSS)和终止(TTS)位点周围的基因组变量的概况。 通过计算转录链递增移动时基因组变量值与TSS(或TTS)计数之间的全基因组范围Pearson相关系数(R),可以获取该图谱。 用于计算剖面的TSS和TTS计数数据取自Pelechano等人的工作。 (1)。 输入文件必须是基于酵母基因组序列版本R64的BedGraph格式的文件。 输出文件是文本制表符分隔的表,该表报告了变量坐标相对于TSS或TTS的各种偏移的R值。 还报道了与每条链相关的R,以验证在两个转录方向上均获得了相似的谱。 1)V.Pelechano,W.Wei,LM Steinmetz,《异构体图谱揭示的广泛转录异质性》,《自然》(Nature),497(2013)127-13。
2021-04-29 17:05:06
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