customSeqDB
customSeqDB的目标是帮助从开源数据库(如NCBI和ENA)中创建自定义序列数据库。 函数允许在其API上搜索和获取记录,并解析这些记录以获取相关信息。 它还可以创建分类法SQLite文件,以允许获取用于创建自定义数据库的记录的分类法信息。
安装
开发版本可以通过以下方式从安装:
# install.packages("devtools")
devtools :: install_github( " salix-d/customSeqDB " )
例子
从NCBI获取序列详细信息
这将获得NCBI核苷酸数据库中与这些分类单元和基因匹配的所有记录的摘要,这些分类单元和基因在“标题”字段中具有单词“ complete”,但在“ keyword”字段中没有“ UNVERIFIED”。 该查询不区分大小写。 有关可用字段及其名称,请参见: :
然后,如果需
2021-08-24 15:38:06
59KB
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