细菌病原体中的CRISPR-Cas和MGE检测
管道使用来检测CRISPR-CAS系统 ,并针对搜索AMR,质粒和的数据库使用 。
依存关系
Snakemake版本≥5.1和。 该管道已在Ubuntu中进行了测试。
安装
导航到您选择的工作目录并克隆此github存储库。
git clone https://github.com/elliekpursey/crispr-pathogens.git
输入
基因组Fasta文件(.fna),必须放在资源>基因组> {species-id}中。 铜绿假单胞菌PAO1基因组作为测试文件提供在文件夹287中(其分类ID)。 您必须在基因组目录中为要使用的每个物种/基因组组创建目录并命名。
用法
本地使用
从crisper-pathogens目录中运行以下命令:
snakemake -s workflow/Snakefile --use-conda
2021-10-10 10:40:49
7.8MB
Python
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