本科毕业论文，蛋白质网络聚类算法分析平台设计与实现，平台ClusterE

非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）的特征是大量脂质滴（LDs）积聚。 这项研究的目的是确定17β-羟类固醇脱氢酶13（17 beta-HSD13）在我们的肝脏组织学正常且具有简单脂肪变性的人类受试者中新近鉴定出的LD相关蛋白之一在NAFLD发育中的功能。从21例人类肝脏活组织检查样本中分离出来，包括9例肝组织学正常的患者（第1组）和12例单纯脂肪变性的患者（第2组）。 通过2D LC-MS / MS测定了来自第1组或第2组的三个肝脏样品的LD相关蛋白的完整集合。 通过比较有或没有NAFLD的受试者之间的LD相关蛋白谱，在NAFLD患者中发现了54个上调的LD相关蛋白和35个下调的LD相关蛋白。 其中，17β-HSD13代表以前未鉴定的LD相关蛋白，在NAFLD中有明显的上调。 由于17β-HSD家族在脂质代谢中起着重要作用，因此选择17β-HSD13来验证蛋白质组学发现并探索其在NAFLD发病机理中的作用。 在db / db（糖尿病）和高脂饮食喂养的小鼠中证实了肝17β-HSD13的增加及其LD表面的位置。 腺病毒介导的人17β-HSD13肝过度表达在C57BL / 6小鼠中诱导了脂肪肝

整合多个网络进行蛋白质功能预测

通过加权组合基于序列的特征并增强多个SVM来预测蛋白质-DNA结合残基

无标记的绝对蛋白质定量，独立于数据的采集 这是一个R软件包，可使用数据独立采集（DIA）进行无标签的绝对蛋白质定量（APQ）。 该程序包是基于TPA方法和一种将MS信号从共享肽重新分布到单个蛋白质或同工型的算法开发的。 如果有任何问题或错误，请给我发送电子邮件： 引文 何兵，石健，王新文，江辉，朱浩杰。“无标签的绝对蛋白质定量和数据独立采集。” 蛋白质组学。 2019五月30; 200：51-59。 doi： 。 在R上安装“ APQ”软件包： 如果未安装软件包“ devtools”，请运行此命令 install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) 加载软件包“ devtools” library(devtools) 安装软件包“ APQ” devtools::install_github("hebin

同源搜索是生物信息学在分子生物学，蛋白质功能分析和药物开发领域的巨大应用。 为了在不断增长的数据库中执行批量搜索，基本方法是对每个原始查询运行Blast或通过将它们分组在一起来串联查询。 本文提出了一种增强的具有序列压缩和聚类的蛋白质同源性批量搜索算法（C2-BLASTP），该算法利用了查询序列和数据库之间的联合信息。 在C2-BLASTP中，查询和数据库首先通过冗余分析进行压缩。 然后根据子序列相似度对数据库进行聚类。 此后，可以在群集数据库中实现命中查找。 此外，基于潜在的命中结果来重建最终执行数据库，以减轻序列数据库不断扩大的规模。 最后，在执行数据库中进行同源批搜索。 在NCBI NR数据库上进行的实验证明，在同源性准确性，搜索速度和内存使用方面，C2-BLASTP对于同源性批量搜索的有效性。

从亲和纯化质谱数据中识别二元蛋白质-蛋白质相互作用

在GPU上加速基于物种的蛋白质序列的Smith-Waterman对齐

dailyFit API :gear: ... 正在开发中 目前正处于非常早期的发展阶段。 :notebook_with_decorative_cover: 关于 节点API。 旨在方便饮食，计算白天的总卡路里，蛋白质，碳水化合物和脂肪的摄入量，并保留该数据的历史记录。 受MyFitnessPal等应用程序启发。 这是一个独立的个人项目，没有任何商业动机。 主要目的是练习和玩乐；）。

人类血清和其他生物分泌液中的蛋白质,可以用新的激光浊度计系统在60分钟以内精确地测量出来。此新系统是由美国赫希斯特公司的子公司贝林诊断设备公司研制的，它将激光浊度计和微型计算机结合起来，使蛋白质的分析简化。