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### NCBI SRA数据库使用详解 #### 一、简介 NCBI SRA（Sequence Read Archive）数据库是由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）维护的一个重要资源，主要用于存储高通量测序（Next Generation Sequencing, NGS）产生的原始数据。这些数据来源于多种测序平台，例如454、Illumina、SOLiD、Ion Torrent、Helicos和Complete Genomics等。随着技术的发展，SRA不仅保存原始序列数据，还收录了与参考基因组比对后的原始reads信息。 根据数据的生成特点，SRA数据库中的数据被分为四类： - **Studies**（研究课题）：定义了实验的目的。一个study可能包含多个实验。 - **Experiments**（实验设计）：包括样本信息、DNA来源、测序平台和技术等细节。每个实验可能包含一个或多个测序结果集。 - **Samples**（样品信息）：指特定的研究对象，例如组织样本或细胞系。 - **Runs**（测序结果集）：代表测序仪器一次运行所产生的reads集合。 SRA中的数据结构遵循以下层次关系：Studies -> Experiments -> Samples -> Runs。为了便于区分不同类型的数据，SRA使用了不同的前缀： - ERP 或 SRP 表示 Studies； - SRS 表示 Samples； - SRX 表示 Experiments； - SRR 表示 Runs。 #### 二、使用 要使用SRA数据库，可以通过以下步骤进行操作： 1. **搜索相关研究**：在SRA数据库主页，可以输入关键词搜索相关的研究，如特定的疾病或其他感兴趣的主题。选择合适的数据集进入详细信息界面。（见图2） 2. **查看详细信息**： - **Study** 详细信息页面提供了关于研究目的、背景和样本信息等概述性内容。（见图3） - **Experiment** 详细信息页面列出了具体的实验设计细节，包括样本信息、测序方法等。（见图4） - **Run** 详细信息页面提供了关于测序结果集的具体信息，包括读长、质量得分等。（见图4） #### 三、下载数据 要下载SRA数据，需要先安装SRAToolkit软件包。具体步骤如下： 1. **下载SRAToolkit**：访问 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software) 下载适用于自己系统的软件包。例如，在CentOS环境下，可使用以下命令下载并解压工具包： ```bash wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz ``` 2. **运行下载工具**：进入工具包目录并使用 `prefetch` 命令下载所需数据，例如： ```bash cd sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin ./prefetch SRR2172038 ``` 完成后，会在当前目录下生成一个包含下载数据的 `ncbi` 文件夹。 3. **转换数据格式**： - 转换为FastQ格式： ```bash fastq-dump ./SRR2172038.sra ``` - 转换为FASTA格式： ```bash fastq-dump --fasta ./SRR2172038.sra ``` #### 四、数据提交 要向SRA提交数据，需要按照以下步骤操作： 1. **确认注册**：确保已在NCBI数据中心网站完成注册。 2. **登录账号**：登录账户后，在左侧菜单选择 `mydata`，然后选择已有的项目或创建新项目。 3. **创建批次**：对于已有项目，选择已有批次或创建新批次，并在创建时指定数据类型为 “SRA”。 4. **提交数据**：点击批次下的 `submit data` 按钮，下载离线提交标识文件（subdesc.bch），然后根据SRA的数据格式标准处理生成的数据文件，连同标识文件一起上传至服务器指定目录。 5. **文件要求**：一个完整的SRA study至少包括一个或多个 `study.xml`, `experiment.xml`, `sample.xml` 和 `run.xml` 文件，以及一个或多个数据文件。但一个批次的提交数据不一定要包含所有文件，`run.xml` 和其包含的所有数据文件必须在同一批次中提交。 通过以上介绍，我们可以看到SRA数据库是一个功能强大且易于使用的平台，为研究人员提供了宝贵的高通量测序数据资源。无论是数据检索、下载还是提交，都有明确的操作流程和指南，大大方便了科研人员的工作。

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