GTEx数据集(V8)的条件变量自动编码器 该项目旨在使用生成模型生成合成基因表达数据。 我们首先研究数据的3D表示形式以及可能要依据的变量,以便有效地分离分布。 当前模型以组织为条件。 组织着色的GTEx数据集(1000个随机基因)的3D表示形式(UMAP,TSNE,PCA): CVAE当前的重建质量,取决于组织。 基于: 对VAE方差损失论文: , , 项目进度: 基准模型创建 评估潜在空间中的均值,绝对差和分组的函数 模型调整 潜在空间大小 批次大小,学习率(应尽早确定时期数) 附加致密层的数量,每个附加层中神经元的数量 有条件的VAE模型(条件之一:组织或年龄) b-VAE模型(损失函数中的MSE / KL散度权重) 相关的VAE( ) torch_model.py神经网络的层和属性 gtex_loder.py加载基因表达数据集 torch_train
2022-01-10 10:05:56 1.65MB gene-expression pytorch gtex vae-implementation
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