lammps分子动力学、gromacs分子动力学、与第一性原理vasp
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带有GROMACS + CP2K的QM / MM 使用GROMACS + CP2K在QM / MM上托管BioExcel课程的课程材料页面的存储库
2022-01-15 14:41:28 2.21MB Python
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GROMACS 安装 本演练遵循为 GROMACS 的最低功能版本安装兼容版本的库和构建工具的步骤。以下包/库是完整构建和安装所必需的: 明威 促进 制作 fftw3 如果您的系统能够通过拥有适当的硬件和/或可用的集群机器来支持它们,则需要其他要求,例如 CUDA 和 MPI 扩展。 在 64 位 Windows 计算机上安装 明威 MinGW,“Minimalist GCC for Windows”的缩写,是基于GCC编译器的Windows编译器。默认官方版本 ”是我们不会在我们的案例中使用 32 位版本,而是选择来自的 64 位分叉版本,作为奖励,它包含在最新的 Boost 库中。 首先,从这里下载 MinGW 安装程序: 启动 exe 后按照说明选择合适的位置来放置提取的文件。这是 C:/ 给我们一个安装目录为 C:/MinGW。 重要提示:此时必须将 MinGW 添加到
2021-12-30 16:58:24 205KB
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GROMACS windows双精度5.11版 在cmd下使用,非常方便,适合做能量优化和其他一些小计算量工作 MD最好还是在服务器上运行
2021-12-30 09:22:42 12.5MB MD GROMACS
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% trr2matlab.m 作者:Evan Arthur,密歇根大学,2011 年 10 月Matlab以相对一致的格式输出轨迹,即从根本上讲,Matlab 直接读取具有挑战性且效率低下。 该程序从最新版本的 Gromacs 翻译大多数 trr 文件转换成可以快速有效地读入 Matlab 的二进制文件通过 readGmx2Matlab.m。 readGmx2Matlab.m 是读取输出的兄弟程序这个程序。 目前只有坐标、速度和力输出。 如果我收到对其他输出的请求(框尺寸、lambda 参数等)我会适应它。 要求: - Gromacs trr 轨迹文件(GMX trn 格式) 在 4.5 及更高版本上测试-readGmx2Matlab.m(读取此脚本的输出) - 可用内存:不多。 大多数模拟小于 500 kb。 - 可用硬盘:您输入的 .trr 的 1 到 2 倍。 默认情况下,整个轨迹
2021-12-07 17:28:36 421KB matlab
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This is an introduction to gromacs.
2021-11-30 10:31:10 1.03MB gromacs 中文教程
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很全很详细的gromacs介绍,这是对于gromacs初学者的最好工具,全面清晰的介绍
2021-11-30 10:29:48 2.35MB gromacs帮手
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呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库,可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程,例如:Biopython,BioSimSpace,CHARMM-GUI,(可选)Modeller,Open Babel,ParmEd,PDB2PQR,pdbfixer,RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便,可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它,请运行以下命令: conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本(请谨慎使用): conda install -c con
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linux shell脚本列子,适合初学gromac 等分子动力学模拟软件
2021-10-04 22:25:48 1KB ddd
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分子动力学模拟免费开源软件
2021-05-04 09:00:37 28.53MB 分子动力学
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