开重 作者: 彼得·门泽尔(Peter Menzel) 安德斯·克罗(Anders Krogh) Kaiju是一个程序,用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段(例如Illumina或Roche / 454)进行分类分类。 使用NCBI分类法和来自微生物和病毒基因组的蛋白质序列参考数据库,将读物直接分配给分类单元。 该程序在描述 (开放访问)。 Kaiju可以在本地安装(请参阅下文),也可以通过。 有关所有版本的请参见的发行说明。 执照 版权所有(c)2015-2021 Peter Menzel和Anders Krogh Kaiju是免费软件:您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款(许可的版本3)或(根据您的选择)任何更高版本来重新分发和/或修改它。 发行Kaiju的目的是希望它会有用,但不作任何担保; 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示
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metagenomics.pdf----宏基因组PPT
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超级英雄 MEGAHIT是一种超快速且高效存储的NGS汇编器。 它针对元基因组进行了优化,但在通用的单基因组装配(小或哺乳动物大小)和单细胞装配上也能很好地工作。 安装 conda conda install -c bioconda megahit 适用于x86_64 Linux的预构建二进制文件 wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz tar zvxf MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.t
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