基于布局 描述 该存储库实现了基本的布局模型和Cytoscape.js布局扩展的一些实用程序。 使用说明 将基于layout-base添加到布局扩展。 扩展中的require()以实现功能： var Integer = require(layout-base).Integer ， var Layout = require(layout-base).Layout ， ... 有关用法示例，请参见或 。

制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js，包括cytoscape的语法及小案例。

Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。 Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。

这是一个相对来世是非常全面的学习讲义，有很多朋友从这篇讲义中学习到了很多。这篇讲义是pdf格式，希望下载的用户能够在自己的电脑中安装pdf阅读软件。

细胞景观扩张崩溃 描述 此扩展提供了一个接口，用于扩展/折叠节点和边缘，以便更好地管理根据分发的Cytoscape.js复合图的复杂性。 使用此扩展程序时，请引用以下论文： U. Dogrusoz，A。Karacelik，I。Safarli，H.Balci，L.Dervishi和MC Siper，“”，PLoS ONE，13（5）：e0197238，2018年。 演示版 请点击（不可撤消的和自定义提示图像），或（撤消）或（化合物最初是折叠）的演示。 单击获取不可撤消的边缘展开折叠演示。 原料药 请注意，化合物是节点。 cy.expandCollapse(options)使用给定的选项初始化扩展。 var api = cy.expandCollapse('get')在初始化后获取扩展实例。 与上面的函数不同，以下函数获取在特定事件期间应用的options参数。 api.colla

Cytoscape是用于做大规模复杂网络分析与生物信息挖掘的开源中间件，l基于java，gpl方式开源。

ContigScape 是一个 Cytoscape 插件，它利用 ace 和配对配对来可视化重叠群之间的关系。

Cytoscap是免费的用于绘制网络的软件，官网为https://cytoscape.org/，但是国内用户下载速度堪忧，并且很可能容易中断，这里分享到CSDN供大家下载。 Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways and integrating these networks with annotations, gene expression profiles and other state data.

从文件中读取复杂网络的节点，并求解网络节点的度数

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