颅骨分割matlab代码fmrieat项目的处理管道
该存储库具有用于处理为fmrieat实验收集的功能性mri（fmri）和扩散mri（dmri）数据的代码。
管道是不同的，可以并行运行。
入门
软件需求
（仅适用于fmri管道）
（仅限dmri管道）
（仅限dmri管道）
（仅限dmri管道）
（仅限dmri管道）
（仅限dmri管道）
权限
确保用户有权执行脚本。
从终端命令行，cd到包含这些脚本的目录。
然后输入：
chmod
777
*sh
chmod
777
*py
能够执行它们。
这只需要运行一次。
功能磁共振成像管道
获取原始MRI数据
在终端命令行中，键入：
./setup_raw_data.sh
这会将Flywheel的原始MRI数据复制到BIDs兼容的目录结构中。
输出
这应该创建一个目录，
fmrieat
/
rawdata_bids
/
subjid
，其中subjid是使用者ID。
该目录应包含：
func
/
cue1.nii.gz＃fMRI数据
anat
/
t1w.nii.gz＃t1加权（解剖）数据
dwi
/
dwi.nii.gz＃扩散MRI数据
d
2021-12-13 10:48:50
251KB
1
颅骨分割matlab代码头骨数据处理
Python
/
Matlab脚本从CT扫描中分割人类头骨，清洁分割后的头骨，将头骨体积转换为网格并向健康头骨注入Kong洞。
Python
3.6
MATLAB
R2018b
MeshLab
v2016.12
ITK-SNAP
3.6.0
3D切片机4.8.1
r26813
网格混合器3.5.474
通过CT扫描分割颅骨
依赖：
。
安装：
pip
install
pynrrd
，
pip
install
-U
pydicom
用法
：
1.更改目录2.在命令窗口中运行：
python
segmentation.py
注意：该脚本可以读取直接从CT机导出的dicom文件进行分段，也可以读取使用3D
Slicer从dicom文件转换而来的nrrd文件。
您需要指定头骨分割的阈值，通常建议使用100--max
。
颅骨数据清理
依赖：
。
安装：
pip
install
connected-components-3d
用法
：
1.将data_dir和save_dir更改为存储原始nrrd文件的位置以及要将清理后的nrrd文件保存到的位置。
2.在命
2021-12-01 15:32:06
2.2MB
1
脑MRI序列的预处理
这是对ADNI数据集的大脑MR图像进行预处理的管道通过使用FMRIB软件库（ FSL ）和高级归一化工具（ ANTs ）。
1.安装FSL和ANT
按照说明下载并安装FSL 。 从或源代码编译ANT 。
2.安装Python软件包
所有必需的库如下所示：
tqdm
麻木
科学的
py
尼巴贝
matplotlib
sciKit-fuzzy（可选）
scikit-learn（可选）
3.下载数据集
此仓库中使用的数据集是ADNI1和ADNI2的AD和NC筛选图像。 见。
这是原始图像的一个样本。
4.重新组织文件
将工作目录切换到src 。 运行reorgnize.py，它将ADNI1和ADNI2合并到一个文件夹中。
python reorgnize.py
5.注册
运行registraion.py通过FSL FLIRT将图像转换为模板的坐标系。
2021-10-27 19:09:18
60.85MB
1
matlab中的GM模型代码CTseg：脑部CT分割，标准化，颅骨剥离和总脑/颅内体积计算
概述
这是用于对计算机断层扫描（CT）脑部扫描进行分割和空间归一化的算法。
该模型是流行的统一分割例程（SPM12软件的一部分）的扩展，具有：改进的配准，高斯混合模型参数的先验知识，从MRI和CT（更多类）中学习的地图集。
这些改进导致了更强大的分割程序，该程序可以更好地处理具有大量噪声和/或较大形态变异性的图像（请参见上图）。
该算法可以产生以下的原始|经调制的空间分段：
灰质（GM）
白质（WM）
脑脊液（CSF）
骷髅头（骨）
软组织（ST）
背景（BG）
该实现是在MATLAB中完成的，并且取决于SPM12软件包（及其MB工具箱）。
如果您发现该代码很有用，请考虑引用“参考”部分中的出版物。
更多详细信息
CTseg的输入应作为NIfTI文件（
.nii
）提供。
所得组织分割的格式与SPM12分割例程的输出格式相同（
c*
，
wc*
，
mwc*
）。
归一化的分割（
wc*
，
mwc*
）在MNI空间中。
默认情况下，将生成输入图像的不ss_骨的版本（将ss_前缀为原始文件名）。
2021-09-09 09:41:33
312KB
1
行业-电子政务-一种基于真实形状和电阻率分布的颅骨物理模型实验装置.zip
2021-08-23 09:01:50
645KB