BrainPrep:通过FSL和ANT在大脑MR图像上进行预处理的流水线，包括配准，颅骨剥离，偏置场校正，增强和分割-源码

脑MRI序列的预处理 这是对ADNI数据集的大脑MR图像进行预处理的管道通过使用FMRIB软件库（ FSL ）和高级归一化工具（ ANTs ）。 1.安装FSL和ANT 按照说明下载并安装FSL 。 从或源代码编译ANT 。 2.安装Python软件包 所有必需的库如下所示： tqdm 麻木 科学的 py 尼巴​​贝 matplotlib sciKit-fuzzy（可选） scikit-learn（可选） 3.下载数据集 此仓库中使用的数据集是ADNI1和ADNI2的AD和NC筛选图像。 见。 这是原始图像的一个样本。 4.重新组织文件 将工作目录切换到src 。 运行reorgnize.py，它将ADNI1和ADNI2合并到一个文件夹中。 python reorgnize.py 5.注册 运行registraion.py通过FSL FLIRT将图像转换为模板的坐标系。