GenAlEx 6.501.主要用于遗传多样性研究，进行AMOV及PCA的构建分析。

Poppr版本2 什么是poppr ？ Poppr是一个R软件包，用于分析具有性和克隆繁殖混合模式的人群。 它围绕genind和genlight对象的框架构建，并提供以下实现： 在层次结构的多个级别中的任何一个级别上对人口进行克隆检查 方便的多基因座基因型计数和具有多个层次结构的种群子集 定义多基因座基因型 基因型多样性，均匀性，丰富性和稀疏性指标的计算 引导距离支持遗传距离的树状图的绘制 遗传距离的最小跨度网络图 关联指数的计算（ ） 或者 （ ） 已安装R（≥2.15.1）的任何服务器上的批处理 微卫星（SSR）标记的Bruvo距离的计算（以C表示为速度） 从导入数据并导出到 2.0版的新功能： 基因组SNP数据处理 自定义多基因座基因型定义 通过遗传距离折叠多基因座谱系 计算网状最小跨度网络 计算跨snps的滑动窗口中的关联索引 MLG多样性统计的自举 和更多！ 有关完整

本书系统地介绍了近一二十年来在数量遗传学领域的一些新发展，尤 其是混合线性模型的统计分析方法和广义遗传模型的建模原理。所介绍的 统计分析方法包括 ANOVA 法、ML 和 REML 法、MINQUE 法，但是侧重 于 MINQUE 方法的阐述。详细地介绍了方差和协方差估算、遗传效应值预 测的一些新的统计方法。所介绍的遗传模型，不但包括常用的加性−显性模 型和上位性遗传模型，还包括了最近几年创立的动物性连锁模型和种子遗 传模型。在附录中介绍了各种遗传分析软件的使用方法。本书所介绍的这 些新遗传模型和分析方法，全然不同于国内外数量遗传学专著所介绍的那 些传统内容。

一个非常实用的群体遗传学分析软件包 ,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下 3个方面的用途 :1)进行正合检验 ,如对哈迪_温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验 ;2 )估算经典的群体遗传学参数 ,如Fst和其它相关指数及基因频率等 ;3)可把GENEPOP的输入文件转换为其它常用的群体遗传学分析软件包 (如BIOSYS、FSTAT和LINKDOS)所要求的输入文件格式。

以分子标记技术为基础的作物数量性状基因(QTL)的研究成为目前作物遗传育种研究的热点。QTL定位的基本原理是分析标记基因型和数量性状值之间的连锁关系。QTL分析软件winQTLCart2.0使用程序包括:数据准备、软件运行、基因(QTL)定位和分析、制图。QTL定位分析的新方法关联分析利用不同基因座等位变异(基因)间的连锁不平衡关系,进行标记与性状的相关性分析,以达到鉴定特定目标性状基因(或染色体区段)的目的,关联分析大大提高了目标性状基因或者相关QTL的挖掘和定位。

分子生物学分析软件NTSYS关于遗传相似性系数及聚类分析的详细步骤说明。小白都能看得懂的方法说明。

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一款群体遗传学分析软件dnasp5，分析单倍型遗传多样性

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Arlequin是一款专业的人类遗传学数据分析软件，这款软件主要为从事医学、生物学研究的用户设计，可以从遗传学和人口统计学数据中中挖掘信息，例如：大量的分子序列数据和传统的等基因频率，并提供了很多的方法和统计学检验，能够满足用户多种遗传学分析方便的需求。