1. 不同类型序列的多重序列比对 TranslatorX/MAFFT 2. 建树序列的保守区选择（ Gblock 3. 核苷酸饱和度检测（ Xia's test 4. 核苷酸替换模型的选择（ jModeltest/MEGA/ModelFinder 5. 氨基酸替换模型选择（ ProtTest /MEGA/ /ModelFinder 6. NJ 法重建系统发育树 MEGA 7. ML 法重建系统发育树（ MEGA/IQ TREE/RAxML 8. BI 法重建系统发育树（ MrBayes 9. 系统发育树的查看和美化（ Figtree/MEGA