在正常条件下，在萨哈农业研究站的实验农场种植了10种埃及大麦基因型（2个商业品种和8个育种系），并在埃及Elsharkia省El-hosainia平原农业研究站的实验农场中暴露了盐分胁迫条件。 ，以试图确定相对耐盐性的基因型。 磁化率指数（SI）用于估算相对应力损失，因为它考虑了屈服电位和应力强度的变化。 基于其高度耐受性指数值，将吉萨123、1号线，5号线，6号线和8号线的基因型视为耐盐基因型。 大麦基因型的特征是通过七个SSR标记和三个SCoT引物以不同的组合来识别遗传变异的程度并建立指纹图谱。 正常的SCoT反应会扩增15至19个单体长度的DNA单个片段。 通过在每个反应中使用两种和三种不同的引物组合，采用了一种新的策略来提高遗传多样性研究中的SCoT潜力。 扩增产物的Triple-SCoT和SSR的多态性百分比分别为94.44％和90.91％，而平均分没有。 在两个标记系统中，多态性片段/引物的“多态性”分别为17和7.14。 另一方面，Triple-SCoT表现出阳性和阴性基因型特异性标记的最高平均数。 使用这些不同的标记系统对研究的基因型进行聚类分析，发现四个树状图的拓扑结

CRISPR primer designer 本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件、提高基因编辑特异性、自动分析Blast比对结果，直接生成最终引物，内置拟南芥和水稻基因组序列，自定义基因组后也可支持人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。 简易使用教程： 第一步：把基因的 CDS 序列（注意是编码区序列）贴到框里，勾选 Local blast，点 Search PAMs 第二步，从弹出的对话框中，选择背景基因组（水稻/拟南芥，程序中内置了拟南芥和水稻的基因组序列，也可以自己上传其它物种分染色体的基因组序列），点 Blast 按钮。 系统自动执行搜索，并与背景基因组比对，等待…… 提示完成后，点确定按钮 到这一步，结果基本出来了，对每一个 PAM 进行了打分，分越低的越好，没有分的PAM不建议选用，因脱靶概率比较高，这个程序算法相对严格，因此候选的PAM一般比较少。选择一个 PAM（如果不选，默认的是分数最低的那个），再选择所用的载体名称（系统内置了一些常用载体的接头序列，也可以自定义其它载体），系统就直接给出了引物序列！ 拷贝过去合成，完成！ 参考文献： Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.

超好用的义务设计分析软件,在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0 的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.22 的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。

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引物设计在PCR实验方案设计中是非常重要而且常用的，掌握引物设计决定实验成败

背景：多重PCR定义为在一根试管中使用不止一个引物组（包含正向引物和反向引物）同时扩增DNA模板的多个区域，已被广泛用于临床和环境微生物学研究中。 然而，用于多重PCR的引物设计仍然是一个有挑战性的问题，需要考虑几个因素。 这些问题包括由于与非目标DNA模板的非特异性结合导致的引物错误，引物二聚化以及无法分离和纯化具有相似电泳迁移率的DNA扩增子。 结果：开发了一个名为MPprimer的新程序，以帮助用户设计具有高度可靠性的多重PCR引物组。 它使用广泛使用的引物设计程序Primer3和引物特异性评估程序MFEprimer，根据基因组或转录本DNA数据库设计和评估候选引物，然后仔细检查以避免引物二聚化。