CRISPR Primer Designer v1.1.2 x64
CRISPR primer designer
本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件、提高基因编辑特异性、自动分析Blast比对结果，直接生成最终引物，内置拟南芥和水稻基因组序列，自定义基因组后也可支持人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。
简易使用教程：
第一步：把基因的 CDS 序列（注意是编码区序列）贴到框里，勾选 Local blast，点 Search PAMs
第二步，从弹出的对话框中，选择背景基因组（水稻/拟南芥，程序中内置了拟南芥和水稻的基因组序列，也可以自己上传其它物种分染色体的基因组序列），点 Blast 按钮。
系统自动执行搜索，并与背景基因组比对，等待……
提示完成后，点确定按钮
到这一步，结果基本出来了，对每一个 PAM 进行了打分，分越低的越好，没有分的PAM不建议选用，因脱靶概率比较高，这个程序算法相对严格，因此候选的PAM一般比较少。选择一个 PAM（如果不选，默认的是分数最低的那个），再选择所用的载体名称（系统内置了一些常用载体的接头序列，也可以自定义其它载体），系统就直接给出了引物序列！ 拷贝过去合成，完成！
参考文献：
Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.
本地化运行的单机版基因编辑引物设计软件、提高基因编辑特异性、自动分析Blast比对结果，直接生成最终引物，内置拟南芥和水稻基因组序列，自定义基因组后也可支持人、小鼠、果蝇、斑马鱼等多个物种的基因编辑引物设计。
简易使用教程：
第一步：把基因的 CDS 序列（注意是编码区序列）贴到框里，勾选 Local blast，点 Search PAMs
第二步，从弹出的对话框中，选择背景基因组（水稻/拟南芥，程序中内置了拟南芥和水稻的基因组序列，也可以自己上传其它物种分染色体的基因组序列），点 Blast 按钮。
系统自动执行搜索，并与背景基因组比对，等待……
提示完成后，点确定按钮
到这一步，结果基本出来了，对每一个 PAM 进行了打分，分越低的越好，没有分的PAM不建议选用，因脱靶概率比较高，这个程序算法相对严格，因此候选的PAM一般比较少。选择一个 PAM（如果不选，默认的是分数最低的那个），再选择所用的载体名称（系统内置了一些常用载体的接头序列，也可以自定义其它载体），系统就直接给出了引物序列！ 拷贝过去合成，完成！
参考文献：
Yan, M., Zhou, S.-R., and Xue, H.-W. (2015). CRISPR Primer Designer: Design primers for knockout and chromosome imaging CRISPR-Cas system. Journal of integrative plant biology 57:613-617.
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