多序列比对是生物信息学中最重要和挑战性的任务之一. 针对多序列比对是NP 完全组合优化问题, 引.入Tent 混沌初始化种群策略、不同蜂种的邻域搜索策略和锦标赛选择策略等, 提出了一种基于多策略人工蜂群.的多序列比对算法. 该算法应用Tent混沌初始化种群策略以使初始个体多样化和获取较好初始解; 其次针对不同.蜂种的特性设计不同的邻域搜索策略以平衡算法的全局探索与局部开发能力. 同时引入序列比对的蜜源编码方.法以适应多序列比对的离散性. 实验结果表明, 该算法鲁棒性较强, 能获取较好的比对性能和生物特性

针对用BaumWelch算法训练隐马尔可夫模型用于序列比对算法的搜索空间有限性容易陷入局部最优点的缺陷，提出一种用量子粒子群优化算法训练隐马尔可夫模型的生物多序列比对新方法。该方法克服了BaumWelch算法在收敛性能上的缺陷，在整个可行解空间中进行搜索。从BaliBASE数据库中选取测试例子进行数值实验，实验结果表明，所提算法优于BaumWelch算法，对标准例子进行的实验证明了算法的有效性。

对齐方式 已实现的DNA序列比对算法的集合，包括最佳全局比对，带状全局比对和用于多个序列比对的近似算法。

序列的多重比对是生物序列分析研究中的一个重要方法。文章首先介绍了HMM 的基本结构，然后着重讨论了HMM 在DNA 序列之间的多重比对中的应用。

DNAMAN适用于分析生物学应用的一体化软件包。改软件包为序列分析提供了一个就有多种功能的集成系统。您不再需要一个程序进行限制性分析，而其他程序进行多序列对比、设计PCR引物、蛋白质序列分析或绘制质粒.....DNAMAN为您执行这些任务。 DNAMAN的速度、多功能性、准确性和高质量的演示使其成为每个分子生物学家可以依赖的基本工具之一。DNAMAN是众多评审科学期刊中高度引用的序列分析软件。他也是一个序列分析软件包，每所大学、研究机构、实验室和研究科学家都可以负担的起。 DANMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三个平台上的DANMAN文件共享相同的格式。 DANMAN的通用格式系统方便了Windows、Mac OSX和Linux之间的通信，使您的平台独立。

CS410人工智能（B类）2021-2022秋季学期的个人大作业，内容是应用三种算法（动态规划、A*、遗传算法）分别解决多序列比对问题。其中包括database、query和所有的源码。

一个很不错的DNA序列分析软件，集序列比对、进化树构建于一身。

AK工具箱是一个Matlab工具箱，用于根据简化的BSD许可证分发的蛋白质多序列比对（MSA）的协同进化分析。 AK工具箱的目的是提供一组Matlab函数，这些函数独立于Matlab生物信息工具箱，用于MSA的协同进化分析。 目前，此软件包中可用的协同进化方法是统计耦合分析（SCA），子集协方差的显式似然（ELSC），互信息（MI），实测负期望平方方法（OMES），基于麦克兰伦的替代相关性（MCBASC） ，直接耦合分析（DCA）和logR。 该软件包中还包含不同生物信息学矩阵的存档。