自述文件 快速入门指南 # Extract read mapping $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16\ 17 18 19 20 21 22 X Y OR $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom $(seq 1 22) X Y OR $ ./cnvnator -root file.root -tree file.bam -chrom chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8\ chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22

跨数百个基因组进行基因家族注释的管道 该管道可以自动化并标准化新生成的基因组数据集中许多基因家族的基因家族注释。 该管道可以获取最准确的基因拷贝数，并最大程度地减少可能会干扰下游比较分析的方法论偏见。 BITACORA和GeMoMa是用于识别和注释基因组装配中的基因家族的主要工具，第一步是基于输入文件以及要注释的基因家族信息，使用Blastp和InterProScan识别和管理基因模型。 内容 先决条件 安装 计算要求 用法 4.1准备数据 4.2运行管道 4.3输出 例子 1.先决条件 运行管道所必需的依赖关系是： Perl ：大多数操作系统默认安装Perl。 有关安装说明，请参见 。 Python ：从下载可用的最新版本 BLAST ：从以下地址下载blast可执行文件：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATE

在正常条件下，在萨哈农业研究站的实验农场种植了10种埃及大麦基因型（2个商业品种和8个育种系），并在埃及Elsharkia省El-hosainia平原农业研究站的实验农场中暴露了盐分胁迫条件。 ，以试图确定相对耐盐性的基因型。 磁化率指数（SI）用于估算相对应力损失，因为它考虑了屈服电位和应力强度的变化。 基于其高度耐受性指数值，将吉萨123、1号线，5号线，6号线和8号线的基因型视为耐盐基因型。 大麦基因型的特征是通过七个SSR标记和三个SCoT引物以不同的组合来识别遗传变异的程度并建立指纹图谱。 正常的SCoT反应会扩增15至19个单体长度的DNA单个片段。 通过在每个反应中使用两种和三种不同的引物组合，采用了一种新的策略来提高遗传多样性研究中的SCoT潜力。 扩增产物的Triple-SCoT和SSR的多态性百分比分别为94.44％和90.91％，而平均分没有。 在两个标记系统中，多态性片段/引物的“多态性”分别为17和7.14。 另一方面，Triple-SCoT表现出阳性和阴性基因型特异性标记的最高平均数。 使用这些不同的标记系统对研究的基因型进行聚类分析，发现四个树状图的拓扑结

氟哌啶醇对新西兰兔心室肌细胞膜钠通道基因表达的影响，袁婷，宋宏雁，目的观察氟哌啶醇对新西兰兔心室肌细胞钠通道α亚基决定基因SCN5A基因表达的影响。方法 新西兰兔50只，随机分为正常组（不做任何处�

基于高分子谷蛋白基因的中国节节麦系统关系，陈文杰，刘登才，通过对新疆及黄河流域节节麦的高分子谷蛋白基因序列的系统进化分析，探讨了我国节节麦的来源及传播关系。结果表明，在历史上至少

ACE2基因多态性与糖尿病肾病的关系，王志达，赵希璐，目的：探讨ACE2基因多态性与糖尿病肾病的关系。方法 采用病例对照研究方法，以2012年4月至2013年9月间在天津医科大学代谢病医院住院�

FOXP3基因多态性与原发性肝细胞癌的关系，陈衍辉，张恒辉，目的 探讨转录因子FOXP3基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）与原发性肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的关系。方法

IL-13基因microRNA靶序列单核苷酸多态性与乳腺癌发病的关系，于洪媛，李京，目的 探讨IL-13基因microRNA靶序列结合区域的单核苷酸多态性及环境因素交互作用与乳腺癌发病的关系。方法 采用病例对照研究方法，首先

乙醇代谢酶基因多态性对酒精性肝硬化的影响，周文婷，李景鹏，目的 研究乙醇代谢酶基因多态性与酒精性肝硬化(alcoholic liver cirrhosis, ALC)的关系，探讨遗传因素对其易感性的影响。 方法 应用PCR-RFLP�

TLR4基因多态性与军团菌感染易感性的关系，王芳芳，王素萍，目的 了解山西人群肺部感染病人军团菌感染状况；初步探讨TLR4基因(2244G→A)及(2299A→G)多态性分布与军团菌感染的关系。方法 采用聚合�