PIDiff 的完整文档+可运行项目代码

PIDiff 是一个针对蛋白质口袋特异性的、物理感知扩散的 3D 分子生成模型，通过考虑蛋白质-配体结合的物理化学原理来生成分子，在原理上，生成的分子可以实现蛋白-小分子的自由能最小。 PIDiff 来源于延世大学计算机科学系的 Sanghyun Park 教授为通讯作者的文章：《PIDiff:Physics informed diffusion model for protein pocket-specific 3D molecular generation》。 本文档包含了完整的 PIDiff 项目测评过程及其结果，包括：训练好的模型，修正后的项目代码，代码报错及修改位置和方法，缺失的模块文件，测试案例等。 修正后的项目代码可以根据特定的蛋白/口袋体系，使用 PIDiff 模型进行分子生成，并计算 vina_score, vina_docking_score, qvina_score, QED，SA等指标。 修正后的代码也可以根据自定义的数据集进行微调/训练。 此外，此文档中还包含了个人分析标注。