FineSplice:增强的剪接连接检测和RNA-Seq数据估计-开源

开源软件

FineSplice是TopHat2的Python包装器，旨在可靠地从RNA-Seq数据中识别表达的外显子连接，从而提高了检测精度，而灵敏度损失很小。使用已知的成绩单注释与TopHat2对齐后，FineSplice将生成的BAM文件作为输入，并输出一组带有相应读取计数的可信的拼接结。通过基于逻辑回归的半监督异常检测策略，可以滤除由虚假对齐产生的潜在误报。过滤后，具有唯一位置的多个映射读取将被抢救并重新分配到最可靠的候选位置。 FineSplice需要安装了以下模块的Python 2.x（> = 2.6）：pysam（http://code.google.com/p/pysam/）和scikit-learn（http://scikit-learn.org/）。有关更多详细信息，请查看我们的出版物：Nucl。酸Res。（2014）doi：10.1093 / nar / gku166

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