ALRA:基于低秩逼近的scRNA-seq插补方法

dropout imputation scrna-seq svd

自适应阈值低秩近似（ALRA）介绍 ALRA是一种在单细胞RNA测序数据中插入缺失值的方法，在提供的预印本“使用低秩近似法对scRNA-seq数据进行零保存插值”中进行。给定一个scRNA-seq表达矩阵，ALRA首先使用随机SVD计算其rank-k近似值。接下来，每一行（基因）都以该基因最负值的大小为阈值。最后，矩阵被重新缩放。该存储库包含用于在R中运行ALRA的代码。ALRA的唯一先决条件是安装随机SVD软件包RSVD，可以将其安装为install.packages('rsvd') 。这些功能现在为已安装用户提供了一个标志use.mkl ，它可以大大加快基于默认rpca的版本的速度。请注意，rpca-mkl仍在开发中，并且不在CRAN上，因此它不是必需的软件包，但是如果用户已经安装了rpca-mkl，则可以通过将该标志设置为True来使用它。用法请确保将矩阵为行，

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