BioTools:用于生物信息学分析的个人脚本和集合

生物工具 GTF.py 提供一个类，使您可以解析，重建仅由外显子组成的GTF或计算一些基本统计信息。 用法 从CLI 要仅从外显子重建完整的GTF（具有3个级别：基因，转录本和外显子），请使用以下命令，然后将重建的GTF打印到STDOUT GTF.py format {gtf_path} 要计算您的GTF（仅包含外显子的GTF）中的基因，转录本和外显子的数量，请使用： GTF.py stats {gtf_path} 从Python脚本 首先，导入GTF类。 此类提供了一种静态方法来解析您的文件： 您的GTF由3个级别的注释组成。 在这种情况下，请使用： from GTF import GTF for gene in GTF . parse ({ your GTF file }): print ( gene ) 您的GTF仅由外显子组成。 在这种情况下，请添加arg by