gfftobed:转换GFF3GTF到BED-源码

gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处理文本文件（例如GFF和GTF）并不总是很困难，但是在某些情况下，好的awk或grep不能解决问题。 考虑一种情况，您在一个床文件中包含GTF的所有“基因”功能，同时保留了“基因名称”。 当然， grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$8"\t"$7}' grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"