EMBLmyGFF3 GFF3到EMBL的转换工具 EMBLmyGFF3将FASTA格式的程序集以及GFF3格式的关联注释转换为，这是将带注释的程序集提交给所需的格式。 [类似地，准备将数据提交给NCBI时，请使用 。 ] ！ NCBI和ENA是一部分，它们的数据每天都同步，因此，在一个数据库中提交的所有内容也可以在另一个数据库中访问。 基于以下文档： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/FT_current.html#7.1.1 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/usrman.txt。 您不知道如何提交ENA吗？ 请访问 目录 先决条件 安装 使用conda安装 用pip安装 用git安装 检查安装 更新 点子更新 用git更新 卸载 用法 前言 使用提供的示例 简单的情况

gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处理文本文件（例如GFF和GTF）并不总是很困难，但是在某些情况下，好的awk或grep不能解决问题。 考虑一种情况，您在一个床文件中包含GTF的所有“基因”功能，同时保留了“基因名称”。 当然， grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$8"\t"$7}' grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"

把从ncbi上下载的gff3文件信息读取出来，放入列表中