FindTelomeres：用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGGCCCTAA）的python脚本

telomeres Python

这个脚本做什么？这是用于在FASTA文件中查找端粒重复序列（TTAGGG / CCCTAA）的工具。该脚本不做什么？它只会在序列的开头和结尾寻找端粒。它仅查找TTAGGG / CCCTAA重复序列的变体。它是如何做到的？它以FASTA文件作为输入，并逐一遍历其中的序列。在每个序列的开头和结尾，它都会忽略N（未知碱基）。对于每个序列，它将查看前（最后）50个核苷酸，并评估端粒重复覆盖了该序列的多少。这是故意灵活的，以允许测序错误和端粒基序的序列/长度变化。更具体地说，如果前50个核苷酸中至少有50％被端粒重复序列覆盖，则将其称为端粒。在大多数情况下，默认设置50％（-c /-cutoff）和50 nts（-w /-window）似乎效果很好。一些端粒可能很短，或者与典型的TTAGGG / CCCTAA基序不同。使用这些参数，它们很可能会被恢复。但是，可以

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