上传者: 42128393
|
上传时间: 2021-12-08 00:03:18
|
文件大小: 43KB
|
文件类型: -
双向PBWT(位置Burrows-Wheeler变换)
介绍
双向PBWT是一种高效的方法,可以在每个变体位点附近找到匹配簇,并在每个变体位点同时使用正向和反向PBWT研究匹配块的变化。 理查德·杜宾(Richard Durbin)开发了位置挖洞-轮式变换(PBWT),作为单倍型数据的表示形式,用于存储数据并有效地在一组单倍型之间找到匹配项。 双向PBWT的输入数据是阶段性基因型数据(采用VCF格式)。
依存关系
C ++(至少GCC 5)
GNU Make
GNU getopt
重击
[可选] Boost C ++库(内存映射文件必需)
安装
要安装程序,请使用以下方法将存储库克隆到本地文件夹:
git clone https://github.com/ZhiGroup/bi-PBWT.git
输入存储库文件夹并编译程序:
cd bi-PBWT make
[可选]如果使用内