mitoMaker:mitoMaker-线粒体装配和注释脚本-开源

mitoMaker是基于原始NGS读数和可选的目标参照物而开发的用于简化线粒体基因组的组装和自动注释的管道脚本。 mitoMaker调用了诸如SOAPdenovo，MIRA和blast +之类的众所周知的汇编器和算法，并对它们的结果进行了解析，从而提供了易于读取的输出，例如FASTA，GENBANK，SEQUIN，PNG等。 通用管道：具有不同k-mer值的1迭代De Novo装配，试图装配与给定的靶线粒体基因组匹配的构建。 2-搜索所有线粒体基因特征和环化。 3存储找到的最佳结果。 4-使用MIRA和MITObim，将最佳装配用作基于参考的装配的主干，以尝试扩大有丝分裂基因组并缩小缺口。 5标注最佳装配，标识每个特征的开始和结束位置。 6-创建一个包含所有结果的文件夹（PNG，GENBANK，FASTA，SEQUIN，CAF，MAF和统计日志文件）。