PWMScan:基于 Web 的全基因组位置权重矩阵 (PWM) 扫描仪-开源
PWMScan 用于根据基因组或通常的大量 DNA 序列扫描位置权重矩阵 (PWM)。 PWM 是描述转录因子 (TF) 的 DNA 结合特异性的最常用数学模型。 PWM 包含结合位点每个位置的每个碱基的分数。 然后通过简单地将结合位点的各个位置的碱基特异性分数相加，获得给定 k-mer 序列的 TF 结合分数。 PWMScan 将 PWM、DNA 字母表字母的背景概率以及阈值分数或 p 值作为输入。 搜索是在整个基因组序列中进行的。 它可以接受 PWM，例如 Transfac 或 Jaspar 数据库中可用的 PWM 以及纯文本 PWM。 它计算给定 p 值阈值或截止值的基因组序列中 PWM 的所有出现。 匹配列表以各种基因组注释格式提供，包括 BEDdetail、FPS 和 SGA。
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