vcf2tsv:基因组VCF到制表符分隔的值
基因组VCF到制表符分隔的值
用于将VCF数据转换为制表符分隔值（TSV）的Python脚本
一个小的脚本，它将以VCF格式编码的基因组变异数据转换为制表符分隔的值文件。 该脚本利用解析VCF文件。 默认情况下，程序会打印固定的VCF列，所有INFO标签值（在VCF标头中定义，给定记录中不存在的INFO标签都附加“。”），以及杂合子的所有基因型数据（FORMAT列）和纯合子。 如果存在基因型数据，则每个样本打印一行，而表示为VCF_SAMPLE_ID的列表示给定样本的数据。 脚本具有以下可选参数
跳过样本基因型数据（即FORMAT列）
保留拒绝的基因型（即FILTER\uff01='PASS'/ GT =='./。'）
跳过INFO数据。
压缩输出TSV
将VCF列的数据类型打印为标题行
重要信息：如果使用大型多样本VCF文件运行vcf2tsv，则输出TSV的大小将Swift增大，因为默认情
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资源详情
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