bruijn_graph:用于基因组重组的 Bruijn 图的实现-源码

德布鲁因图 Bruijn 图的实现应用于基因组重组。 实现是在 Python 中完成的，适用于 Python 2.x 和 3.x。 有两种实现：一种在“src”文件夹中，另一种在“old_src”文件夹中。 “old_src”文件夹中的实现是一个没有优化的旧实现，也不接受参数传递，必须执行/修改的文件是“main.py”。 “src”文件夹中的实现是接受参数的更新和更优化的实现。 我建议你使用它，下面的解释是基于它的。 实现代码由三个文件组成：fasta.py、kdmer.py、assembler.py。 fasta.py 文件读取 FASTA 格式的文件。 kdmer.py 文件通过返回一个 mers 列表来分隔所有 (k,d)-mers。 assembler.py 文件是调用所有其他文件的主文件。 它需要一个参数，即输入文件路径。 在名称为“input1”和“input