将 Gromacs v 4.5 轨迹文件转换为 MatLab 矩阵:在 matlab 中将 Gromacs 轨迹文件 (.trr) 转换为 3D 矩阵。-matlab开发

上传者: 38613330 | 上传时间: 2021-12-07 17:28:36 | 文件大小: 421KB | 文件类型: -
% trr2matlab.m 作者:Evan Arthur,密歇根大学,2011 年 10 月Matlab以相对一致的格式输出轨迹,即从根本上讲,Matlab 直接读取具有挑战性且效率低下。 该程序从最新版本的 Gromacs 翻译大多数 trr 文件转换成可以快速有效地读入 Matlab 的二进制文件通过 readGmx2Matlab.m。 readGmx2Matlab.m 是读取输出的兄弟程序这个程序。 目前只有坐标、速度和力输出。 如果我收到对其他输出的请求(框尺寸、lambda 参数等)我会适应它。 要求: - Gromacs trr 轨迹文件(GMX trn 格式) 在 4.5 及更高版本上测试-readGmx2Matlab.m(读取此脚本的输出) - 可用内存:不多。 大多数模拟小于 500 kb。 - 可用硬盘:您输入的 .trr 的 1 到 2 倍。 默认情况下,整个轨迹

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