下采样matlab代码ARA工具
它有什么作用?
这是MATLAB函数的集合,用于处理鼠标全脑成像数据和相关的“稀疏”点数据,例如细胞位置,跟踪的神经突树或批量注入的跟踪投影。
该软件包提供了将这些稀疏数据与艾伦参考地图集(ARA)相关联的功能:
将全分辨率大脑体积下采样到ARA体素大小。
将稀疏的相关数据降采样为ARA体素大小,然后将这些数据导出到一个csv文件中。
将样本大脑和稀疏数据注册到ARA:样本->
ARA和ARA->样本转换。
确定与每个稀疏点相关的ARA脑区域。
从参考地图集中提取可用于绘制的区域轮廓。
是给谁用的?
ARA
Tools的编写考虑了我们的数据。
在某些地方,可能期望使用来缝制原始数据,因此您可能需要调整我们的代码以适合自己的工作。
安装
在Git客户端(如或)中克隆存储库。
您将需要下面列出的部分或全部依赖项。
您需要哪些取决于您在做什么。
例如,您不需要注册资料即可绘制单元格。
您将需要一份MHD格式的Allen
Atlas和模板大脑的副本。
其中一个包含在上。
将code目录的内容添加到您的MATLAB路径中。
正确设置ara_tools(请参阅参考
2022-10-23 22:00:11
119KB
系统开源
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