1.
不同类型序列的多重序列比对 TranslatorX/MAFFT
2.
建树序列的保守区选择( Gblock
3.
核苷酸饱和度检测( Xia's test
4.
核苷酸替换模型的选择( jModeltest/MEGA/ModelFinder
5.
氨基酸替换模型选择( ProtTest /MEGA/ /ModelFinder
6.
NJ 法重建系统发育树 MEGA
7.
ML 法重建系统发育树( MEGA/IQ TREE/RAxML
8.
BI 法重建系统发育树( MrBayes
9.
系统发育树的查看和美化( Figtree/MEGA
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