PrimerBlast
这是一个python脚本，允许用户输入两个基因组引物序列并检索它们之间的序列。
2021-10-19 11:28:45
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PanOCT（泛基因组直系同源聚类工具）是用PERL编写的程序，用于对紧密相关的原核物种或菌株进行泛基因组分析。 与传统的基于图的直系同源物检测程序不同，除了同源性之外，它还使用微同位或保守基因邻域（CGN）来将蛋白质准确地放入直系同源簇中。
2021-10-14 16:58:40
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中国科学院微生物研究所-胡松年团队-《微生物大数据分析与实践》课程-泛基因组下
本课程致力于微生物基因组、转录组、泛基因组、耐药基因组和宏基因组、宏转录组
2021-10-14 16:54:27
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PGAP 是一个用 Perl 开发的泛基因组分析管道。 一键完成功能基因聚类分析、泛基因组谱分析、功能基因遗传变异分析、物种进化分析、基因簇功能富集分析等五种分析功能。
2021-10-14 16:22:44
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全基因组CRISPR-Cas9敲除（MAGeCK）的基于模型的分析是一种计算工具，可从最新的基因组规模CRISPR-Cas9敲除筛选技术中识别重要基因。 有关说明和文档，请参阅Wiki页面。 MAGeCK是由达纳-法伯癌症研究所/哈佛大学公共卫生学院的Xiaole Shirley Liu博士的实验室的Li Wei和Han Xu开发的，并由儿童国家医疗中心的Li Li实验室维护。 我们感谢克劳迪娅·亚当斯·巴尔（Claudia Adams Barr）在基础癌症创新研究中的支持以及NIH / NHGRI开发MAGeCK的支持。
2021-10-10 10:45:48
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MAKER2_PM_genome_annotation
使用MAKER2注释四个DICOT PM基因组
参考
＆
软件与数据
软件先决条件：
具有所有依赖项（我使用NCBI BLAST）和RepBase（使用的版本为20150807）的RepeatModeler（1.0.4）和RepeatMasker（4.0.5）。
MAKER 2.31.9版（尽管其他任何版本2发行版也可以）。
奥古斯都版本3.3。
BUSCO版本3。
SNAP
BEDtools版本2.24.0
原始数据/资源：
1：基因组支架：
> Genome.fa：使用CLCbio从头组装参考基因组。
Ambiguous trim = Yes
Ambiguous limit = 2
Quality trim = Yes
Quality lim
2021-09-25 14:11:11
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