Lammps计算输入文件 # 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表

分子力学（MM）程序Iphigenie提供了广泛的分子动力学（MD）方法和技术，包括极化力场（PMM），HADESReact场和QM /（P）MM混合模拟。

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保守值法matlab代码与MD的接触角 Matlab代码可通过分子动力学模拟计算固液接触角 这些Matlab代码通过固体基质上液滴的分子动力学模拟来计算固液接触角。 所有代码都读取LAMMPS轨迹文件。 有关每种方法背后的理论以及适当引用代码的更多详细信息，请参阅以下出版物： Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，“纳米尺度的润湿：原子模拟研究”，《化学物理学报》 146，114704（2017） 您可以在每个文件夹中找到什么： Fan ：MATLAB文件，根据CF Fan和T.Cain在《化学物理学报》 103，9053（1995） （]中概述的方法来计算固液接触角。 Hautman ：根据J. Hautman和ML Klein，Physical Review Letters 67，1763（1991） （]中概述的方法，计算MATLAB的固液接触角。 MK ：MATLAB文件，用于根据Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，《化学物理学报》 146、114704（2017）中概述的方法计算固液接触角。 Ruijter ：

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VASP_XDATCAR 用于从分子动力学解析VASP XDATCAR的python类。 XDATCAR文件包含分子动力学运行期间的轨迹，即在每个时间步上所有原子的位置。 根据这些信息，我们可以计算出以下物理量 系统随时间变化的温度 速度自相关函数（VAF）和声子密度 对相关函数（PCF） 笔记 Set NBLOCK = 1 in the INCAR so that all the configuration in the MD run is wrtten to XDATCAR. The element mass (POMASS) and the MD time step (POTIM) is read from OUTCAR.

GULP拟合分子动力学势函数

Lammps常见命令 unit dimension newton processors boundary atom style atom modify atom type 选择单位系统，L-J、real、metal 2D or 3D? 默认是3D 边界条件：周期性边界or自由边界？ 定义你的模拟体系中的原子属性 告诉lammps在你的模拟中使用何种力场？ pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style

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