该存储库包含您需要对PA进行原子模拟的所有顶级操作。
script.py是首先运行的主要脚本。 查看内部以查看其工作方式以及如何定义参数。 它将为已定义参数的模拟实例创建一个文件夹模拟,并使用子过程Popen与命令行输入自动交互。
基本文件夹/文件(基本上意味着您不需要更改它们):
charmm36-jul2020.ff
四元数
utils.py
top_all36_prot_forPAs.rtf
PA_generic.pdb(用于C16 PA和肽段)
自定义文件(您可能需要根据用例进行调整)
script.py
* .mdp
jobscript.sh
run.py / rerun.py
笔记
请记住将定制的PA残基C16 C12 12C SPI到residuetypes.dat 。 在macOS上,该文件应位于/usr/local/gromacs/share/gro
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