新！：SAMtools 和 Picard 依赖项被内置的 MATLAB 功能取代。 现在只需要 BWA 和 GATK。 自动化单端全基因组重测序 (WGRS) 数据处理，从而使用预安装的依赖项将读取从 FASTQ 映射到参考并重新对齐插入缺失。 BWA 必须安装并在系统路径上可用，而 GenomeAnalysisTK.jar 必须在 MATLAB 路径上可用。 如果没有提供参数，将要求用户提供一个或多个 FASTQ 读取文件和参考 FASTA。 鼓励开发人员根据他们的需要调整此模板。 流水线步骤是： (0a) FM 索引参考（BWA 索引） (0b) 创建 FASTA 索引（内部 fai） (0c) 创建序列字典（内部字典） (1) 地图读取（BWA mem） (2) SAM 转 BAM (MATLAB sam2bam) （3）排序BAM（MATLAB bamsort） (4) 索引 BA

生物信息学:序列和基因组分析(Bioinformatics:Sequence and Genome 英文版