一个将图像2D转3D的算法

matlab代码粒子群算法Autoscoper-V2 本版本的自动显微镜由Ben Knorlein博士重新设计。 Autoscoper 1由Andy Loomis（原始CUDA版本）和Mark Howison（OpenCL重新实现）开发。 版本2结合了CUDA和OpenCL版本的来源，并允许使用其中任何一个。 此外，为了简化安装和编译，已将构建系统更改为CMake，并将UI切换为QT4。 与原始版本相比，第2版还改善了处理，改进了多个错误并提供了新功能，例如，多骨支持，批处理，使用外部软件来计算骨骼的匹配度（例如Matlab），改进的裁剪和许多其他功能。 最新版本的autoscoper由Bardiya Akhbari修改和维护。 可以从下载源代码和二进制文件。 另外，请检出由Bardiya Akhbari创建的程序，它具有附加的调试功能并支持粒子群优化（PSO）算法。 可以下载Bardiya Akhbari更新后的分支的可执行文件

这是 3D 图像快速双边滤波的实现。 该过滤器在保留边缘的同时平滑图像，但在其最直接的实现中对计算的要求非常高，尤其是对于大型 3D 图像。 快速双边滤波（S. Paris 和 F. Durand，麻省理工学院 [1]）是一种近似技术，可显着提高计算速度。 我的实现与快速 2D 滤波器 [2] 的 Matlab 版本密切相关，并进行了一些修改。 核心函数允许控制滤波器的所有参数（4 个用于高斯内核，4 个用于子采样），并且包装函数进行了一些简化以方便使用。 为了执行可分离的 4D 卷积，我使用了我自己单独提交给 File Exchange (27957) 的函数。 [1]http://people.csail.mit.edu/sparis/bf/ [2] http://people.csail.mit.edu/jiawen/software/bilateralFilter.m

Paraview 是一款强大的开源软件，用于可视化大型 3D 数据集。 与内置的 Matlab 3D 可视化模块相比，它提供了更多的选项、细节和更好的性能。 此功能集成了之前关于将 3D 数据导出为 VTK 格式的多个提交。 该功能可以将多个相同大小的矢量和标量场保存到一个 VTK 格式的文件中，以便在 ParaView 中查看。 它还可以导出线或多边形对象。 为了最大限度地提高不同操作系统之间的兼容性，数值数据默认以 ASCII 格式保存，精度为小数点后 3 位。 用户可以指定精度，例如 vtkwrite('execute', 'structured_points', 'mri', D, 'precision, 5)，而不是 vtkwrite('execute', 'structured_points', 'mri', D)。 用户还可以通过在命令中添加 'binary' 来选择将数值

深度学习、图像识别

MPLBM-UT：用于渗透性介质分析的多相LBM工具箱 MPLBM-UT支持计算3D图像或tiff切片的毛细压力和相对渗透率曲线，单相渗透率，3D弯曲度，接触角和渗透路径。 该存储库由德克萨斯大学奥斯汀分校的Javier E. Santos，Abhishek Bihani和Alex Gigliotti与Christopher Landry，Hugh Daigle，Masa Prodanovic，Wenhui Song和Michael Pyrcz合作创建。 我们非常感谢贾浩威所做的改进。 使用Palabos v2.2.1执行直接流体流动模拟。 我们将Shan-Chen模型用于多相仿真，将BGK和MRT用于单相仿真。 插图 非润湿性流体（紫色）通过球状包装。 非稳态流动模拟显示不同颜色的毛细管压力增量。 非润湿液的渗透路径（未显示岩石和润湿液）。 单相流模拟的速度幅度。

三维图像显示的Matlab实例程序。支持普通的图像以及 DICOM MR CT PET等图像格式。并且可以对每一帧进行图像处理，如直方图均衡、绘制，反色等。 注意分为两个文件夹了 imlook3d.m 要调用 keepfield.m

芒果 pymango 是澳大利亚国立大学开发的3D 图像处理断层扫描重建软件的 Python API。 狮身人面像文档： 吉特： 底层 C++ 实现的大部分都受到限制（非开放）许可，并且该源未出现在此项目中。

使用微分纯对数恶魔算法进行 2D 和 3D 图像配准的简单 matlab 代码提供代码以帮助理解Demons算法 - 欢迎任何评论或改进

MIC @ DKFZ的批处理生成器 batchgenerators是我们在德国癌症研究中心（DKFZ）的医学图像计算部门开发的python软件包，可满足我们所有深度学习数据扩充的需求。 尚不完美，但我们认为它足以与社区共享。 如果遇到错误，请随时与我们联系或打开github问题。 如果使用它，请引用以下工作： Isensee Fabian, Jäger Paul, Wasserthal Jakob, Zimmerer David, Petersen Jens, Kohl Simon, Schock Justus, Klein Andre, Roß Tobias, Wirkert Sebastian, Neher Peter, Dinkelacker Stefan, Köhler Gregor, Maier-Hein Klaus (2020). batchgenerators - a